國內吳郭魚養殖多以人工飼料為食源，部分養殖場在魚苗時期會以畜產廢棄物滋養浮游性餌料生物，再經撈捕後投餵水產動物，養殖池中魚蝦貝不會直接觸到該等廢棄物，無衛生安全之虞。

若直接將畜產糞便排放至養殖池，很容易造成池水惡變(產生氨氮及硫化氫)導致池魚死亡，養殖業者不會冒此風險。坊間所稱使用豬糞養殖，係先將畜產廢棄物引入另一池中(非養魚池)滋養浮游性餌料生物，再將餌料生物過濾撈捕後投餵吳郭魚；而且只有體型小的幼魚需要補充餌料生物，達上市體型的成魚均以人工飼料投餵即可，不會使用到畜產廢棄物。