行政院農業委員會為促進澎湖縣、金門縣、連江縣、台東縣蘭嶼鄉與綠島鄉及屏東縣琉球鄉等天然地理環境特殊之離島地區農業發展，維護離島自然生態及改善離島農漁民生活，特針對各離島之特殊環境，結合當地生產、生活與生態資源，配合休閒農漁業發展，加強輔導各離島縣市政府推動各項離島農業建設計畫，俾利帶動離島農業產業結構轉型，促進離島農業永續發展。

　　農委會表示，為加強離島農業建設，該會本（ 97 ）年度運用行政院離島建設基金經費約 1 億 7 千萬元，辦理離島各項農業發展計畫，發展重點以「離島生態保育及環境維護」及「離島農產業輔導」兩方面為主。

　　農委會說，由於離島環境特殊，極具發展休閒旅遊及觀光潛力，為促進離島生態資源及環境永續發展，該會特別重視離島生態保育及環境維護，故農委會將加強推動離島休閒、生態資源保育相關計畫列為重點輔導工作，例如加強金門海域漁業資源及生態環境調查，以監測大陸沿岸工廠林立對金門海域資源之影響，加強澎湖桶盤嶼地質公園特殊環境資源及澎湖特有海洋生態與漁業資源之保育復育，推動馬祖珍稀植物保育及優質景觀發展計畫，辦理琉球鄉生物多樣性復育園區發展評估規劃，以及復育蘭嶼蝴蝶蘭與綠島野百合等，均係以兼顧維護各離島生態環境資源及發展休閒旅遊觀光為主，並將強化各離島環境綠美化及違規取締，以確保離島生態資源及環境永續經營發展。

　　至於在輔導離島農產業發展方面，主要配合農漁牧轉型休閒農業及發展觀光，加強輔導當地具特色農產品之產銷，並推動離島安全農業及產銷履歷，以促進產業轉型，增加農民收益，俾利永續經營，更將有利於農產品消費安全。

　　農委會強調，各項離島農業計畫係特別因應各地區特殊環境因素所因應擬訂之計畫，對促進離島當地農業轉型、生態保育與環境維護等發展極有助益，亦可藉以改善離島農漁民生活品質。