行政院農業委員會表示，卡玫基颱風造成全台7億3,994萬元的農業災損，該會將依據6月11日新修正發布的「農業天然災害救助辦法」放寬專案補助門檻，未達縣市級救助門檻的地區將可獲得救助，另該會將加速進行勘災及補助金發放作業，以減少農漁民的損失。

　　農委會業於97年6月11日修正發布「農業天然災害救助辦法」規定，放寬專案補助門檻，除雲林縣已達現金救助及低利貸款門檻外，對未達救助門檻的縣市，以往得不到現金補助的局部災損可依專業勘查認定，對農民產生嚴重損害，損害率達20％以上者，即得由縣市政府提出辦理專案補助。另考量近期農業資材與原料價格上漲，該會同時調高「農業天然災害現金救助額度」，加強照顧受災農漁民。例如蔬菜每公頃由16,500元調高至24,000元；西瓜、香瓜、洋香瓜等瓜果類每公頃由5萬元調高至6萬元；水稻每公頃由13,000元調高至16,000元。

　　農委會最後籲請農民朋友如有農業災害救助問題，可就近逕洽各縣(市)政府農政單位，或撥農委會0800-071688、農糧署049-2332380轉3500分機洽詢。