針對動物保護團體訴求，各縣市之捕犬業務不應由鄉鎮公所清潔隊辦理，而應立法設置專業「動物管制員」一案，農委會表示，成立專業動物管制員確能提升動物福利，也是政府努力的方向。但是在進行全國制度性的變革之前，必須尊重地方政府的人事與預算權限，唯有在地方政府確有人力及意願調撥合理資源的條件下，修正「動物保護法」設置動物管制員才有實質意義。

　　農委會說，該會認同成立專業動物管制員的構想，且表示此為政府長期努力目標，但捕犬業務為地方政府的權責，在進行相關制度變革前，應務實考量地方政府狀況。目前各縣市政府仍常接獲許多民眾陳請處理流浪犬的案件，為避免損及該等民眾之權益與生活品質，不宜驟然改變現行捕犬業務運作模式，應在地方政府人事編制及預算完整規劃且確認可順利移撥之情況下逐步調整。此外，農委會正在調查評估各地捕犬業務移撥所需的人力、經費等相關資源，相關結果完成後將送請地方首長裁決，由適當的單位辦理。

　　農委會指出，基層人員執行捕犬業務時，須面對可能具攻擊性的流浪犬，而犬隻反抗掙扎是動物天性，捕捉過程對於多數民眾來說都有觀感不佳的反應，但實際上執行捕犬勤務所冒的風險及辛苦實非外人所能體會。另為確保捕犬過程之動物福利，該會訂有「人道捕犬作業規範」及每年在各縣市辦理人道捕犬教育訓練。如有執勤人員經檢舉涉及不當方式捕犬而有違反「動物保護法」情事時，農委會一定會要求地方政府徹查，如查有實據必依法懲處，也請民眾共同監督。