農委會表示，國內農作物育種及栽培技術相當先進，但為防範品種外流，並對育種者權利提供合法保護，在與大陸簽訂智慧財產權保護協議後，未來雙方可就植物品種權申請、優先權之承認，以及申請品種權之植物種類（如鳳梨等）進行協商，確保育種者之品種權利與提昇我國農產品在國際市場競爭優勢。

　　農委會說明，植物品種權採屬地主義，必須在當地國家申請才能主張權利；農委會經多年努力已與歐盟（27國）、美、日、澳等國協議，同意相互受理對方國民及法人之品種權申請。但在兩岸方面，因過去長期政治上之特殊關係，經台灣公告保護之植物種類，無法於對岸獲得法律保護。由於兩岸經貿合作及農產品交流日趨頻繁，植物品種權保護議題如不進行，無法藉由雙方協商，來防範侵權事件發生。

　　農委會指出，就國際新品種保護聯盟(UPOV)有62個會員國，目前有一半國家採用UPOV1991年新公約制訂其國內植物保護法令，而有一半國家如中國大陸仍採用1978年公約。前兩項公約對農民免責適用範圍有所差異，1991年之新公約為對品種權人提供更多保障，對農民留種免責部分(即農民自行留種自用，免除侵權之責任)部分，係以公告之植物種類為限。為保護育種者權利，在兩岸簽訂協議後，將透過兩岸品種權工作組會議，建議中國大陸依據新版公約修正其法規，以保障我方育種者權益。

　　農委會表示，國內園藝作物在育種方面具有競爭優勢，未來在雙方之協商過程，建議大陸將鳳梨、印度棗、番木瓜、番石榴、芒果及文心蘭等，優先納入受理申請，以鼓勵企業和個人投入植物育種研究，及外國優良新品種引進，強化我方品種保護及品種權人之產業行銷佈局。