農委會表示，兩岸植物品種權保護議題必須立即建立協商管道，藉由雙方簽訂協議規範及溝通平台，可有效防範商業性侵權事件發生，即可避免大部分品種權損失。未來將藉由品種權工作會議，協商調和雙方在農民免責權規範之差異，加強保護我國育種者在中國大陸權利主張，不簽永無機會，永無管道，為保護我國優良品種權利，兩岸簽署協議有其必要及急迫性。

　　農委會指出，目前國際植物新品種保護聯盟 (UPOV) 有 68 個會員，其中採用 UPOV1991 年公約轉化為國內植物保護法令者有 44 個會員，但目前亦仍有 24 個會員如中國大陸、法國、加拿大、墨西哥及紐西蘭等仍採用 1978 年公約。因此，國際間一樣有農民留種自用免責適用範圍之差異，我們都要和他們談。針對兩岸採用不同 UPOV 公約版本 ， 未來可透過兩岸品種權工作會議平台，調和雙方規範之差異，並就擴大可申請品種權之植物種類進行協商，將我方之文心蘭等優勢作物納入中國大陸公告適用植物種類，加強保護育種者權利。

　　農委會說明，植物品種權採屬地主義，必須在當地國家申請才能主張權利；農委會經多年努力已與歐盟（ 27 國）、美、日、澳等國協議，同意相互受理對方國民及法人之品種權申請。但在兩岸方面，因過去長期政治上之特殊關係，經台灣公告保護之植物種類，無法於對岸獲得法律保護。

　　農委會表示，兩岸經貿合作及農產品交流日趨頻繁，須藉由相互受理植物品種權保護，來防範侵權事件； 6 月 29 日雙方簽署「海峽兩岸智慧財產權保護協議」後，台灣優良農作物品種即可 以品種權搭配商標權等形式申請保護，防止山寨版台灣水果之影響，以獲得在中國大陸境內之智慧財產權保障。