行政院農業委員會表示， ECFA及兩岸智慧財產權保護合作協議的簽署，除保護台灣植物品種權及農業核心科技外，亦是保護農民權益重要工具。農委會指出，為加強保護我國植物品種權以及農業核心科技在中國大陸之權利主張，如不簽署將永無機會，亦無管道主張權利來保護我國優良植物品種及農業核心科技，故兩岸簽署協議有其必要及急迫性。

　　農委會進一步表示，兩岸經貿合作及農產品交流日趨頻繁，須藉由相互受理兩岸植物品種權及智慧財產權的保護，來防範侵權事件。在雙方簽署「海峽兩岸智慧財產權保護協議」後，台灣優良農作物品種及農業核心科技即可以經由品種權、商標權、專利權、著作權等形式申請保護並主張權利，來獲得在中國大陸境內之智慧財產權保障。

　　農委會指出，有關媒體報導民眾投書所稱大陸採用黑豬乙事，由於黑豬是一種商業用統稱，並非專門用語，至於所提及之大陸黑豬所用之種原係由當地育成，或來自台灣，僅由外觀無法論斷。依我國畜牧法規定：發現、育成或自國外引進新品種或新品系之種畜禽或種原者，應向中央主管機關申請登記，經審定核准登記後，始得推廣、銷售，其目的即在保護育種者。迄今，經本會核定公告之台灣黑豬均為畜產試驗所選育之「畜試黑豬一號」與「高畜黑豬」；其種原除透過前述命名登記外，更藉由血緣、高純度近親家族及系譜等種原供應體系，防止高性能種豬外流。

　　農委會強調，為防止植物品種與農業核心科技外流，農委會除積極由法令面及制度面針對品種、技術及人員進行有效管理外，另一方面，加速新品種及新技術之研發，並透過植物品種權及專利等智財保護手段，且加強宣導及建立農民有關保護植物品種與農業核心科技之觀念，來確保台灣農業之競爭優勢及農業之永續發展。