行政院農業委員會表示，農村再生條例並無依法得辦理土地徵收規定，而大埔徵地事件係因農民對苗栗縣政府土地徵收程序有疑慮而產生，兩者毫無關聯；農村再生條例之推動，以農村為主，兼顧農民、農業發展，絕不會有大埔徵地事件重現問題。

　　農委會表示，該會一直強調，政府從事任何土地徵收行為，均應依據土地徵收條例或其他法律，明訂可徵收之規定辦理，農村再生條例既無可徵收土地之規定，當然不會有所謂「強制徵收土地」情形發生。針對 717 活動硬將兩者做錯誤關聯，農委會表示遺憾，也希望各界能理性看待農村再生條例立法。

　　農委會強調，部分媒體報導所提「圈地滅農」、「將農民趕出自己的家園」等，都是莫須有的批評，農村再生條例是首度真正讓農民當家作主的法案，是要打好農村發展的基盤，在試辦社區辦理農村再生過程中，社區紛紛表示農村再生最可貴的就是「由下而上，軟硬兼施」，由居民自己提出希望發展的方向，也振興即將失傳的文化。

　　農委會近一步指出，民進黨提出綠建築、再生能源、補助農村社區照顧服務設施、透過人力培育「培根計畫」後再提出計畫等主張，都已採納條文中。條例中秉持讓農村社區有計畫的管理原則，用計畫引導發展，促進土地合理利用，不放任農地開發或將農地全部變更為建築用地，可創造農村新風貌。