農委會「莫拉克颱風災後重建工程」計有2,433項標案，累計可支用預算123.66億元，截至8月4日，累計分配預算71.36億元。在農委會同仁的努力下，已執行70.22億元，執行率98.4％、整體預算達成率56.78％，完工標案1,614件，標案達成率66.35％。
農委會表示，在2,433項標案中，雖然有213項標案預算撥款執行率是0，比率為8.75％，惟其中143件標案係為充分有效運用重建經費，利用標餘款增辦工程及將原預定100年才施作的工程提前辦理；另70件工程之中，多數廠商施工均達一定進度，惟因均屬中小型工程，廠商辦理估驗意願不高，因此配合業界習慣，採完工後一次付款。另外，有極少數標案，係因工區地處偏遠，廠商施工成本高且利潤空間不大，致投標意願較低；更有部分交通困難到達地區工程，須先待聯外道路完成施工後始能進行。因此，雖然重建工作全面展開，仍有極少部分工程進度不如預期。
農委會表示，該會對重建工程積極辦理，同時定期召開檢討會議，檢討工程進度，並協調解決施工中所遭遇之困難。預定11月底前，標案達成率可達90％以上，年底前必能達成全部目標，有助於加速恢復農漁產業機能及協助災區農業基礎設施重建。