農村再生條例自今年 (99 年 ) 七月立法院三讀通過後，農委會水保局為配合條例精神之施行，除積極落實社區自主與需求，有效運用經費，促進農村永續發展，對於外界質疑執行效率不佳，預算浮編，並非事實。

　　水保局說明，由於 98 年莫拉克風災影響，南部受災農村社區部分工程 49 ％保留至今年施作，且多為社區小型工程，目前累計執行件數已高達 1,117 件，致工程承載量過大，又為落實農村再生由下而上、居民當家作主之精神，本計畫工程皆於測設中多次與當地居民溝通協調致達成共識後，再行發包施工，費時較長，目前已積極趕辦中，至 9 月底止發包率已達 83.45 ％。

　　水保局強調，農村再生中程計畫經費於農村再生條例通過後屬於條例支用範圍內者，已由農村再生基金編列預算執行，非屬條例所定用途項目者，由原預算繼續編列執行。另重劃區外緊急農路設施改善計畫係為協助地方政府改善農路，原於振興經濟擴大公共建設特別預算內編列屬一次性專案經費， 98-99 已編列 62 億 3 千萬元，餘於 100 年度編列 18 億 2 千萬元，因農村再生基金已成立，故將該預算撥充農村再生基金改由該基金執行，各項經費使用說明均詳列於該基金預算，實無預算浮編或漏列之情事。