針對台南縣 99 年第 1 期稻作，因缺水停灌休耕補償標準由每公頃 6 萬元提高至 8 萬元，係依 「農業用水調度使用協調作業要點」調整補償標準，並無搶功亦無折衷決定等問題 。

因應物價調整及照顧農民，提高停灌補償標準

　　行政院吳院長於 98 年 12 月 27 日訪視南化水庫及抗旱供水調配時，宣佈因應物價調整及照顧農民之考量，決定將停灌休耕補償金由原每公頃補償 6 萬元，調高為每公頃 8 萬元，以補償農民損失。

農委會及經濟部共同會商調整缺水停灌補償標準

　　農委會表示，有關 99 年第 1 期作缺水停灌補償標準，因民意代表、地方人士及農民反映希望提高補償金額，行政院吳院長早已交代農委會研議調高補償標準，案經 98 年 12 月 25 日農委會與經濟部召開會議確認提高標準，並於當日簽報院長。

調整補償標準係經計算合理補償每公頃 8 萬元，非折衷決定

　　農委會說明，本次調整係依「農業用水調度使用協調作業要點」辦理，以被調用地區之稻作農家賺款，加百分之五計算，並非喊價決定。參考 97 年及 98 年第 1 期稻作農家賺款為 72,821 元，加計 5 ％後為 76,462 元，取整為 8 萬元；並不是以討價還價方式，折衷決定補助 8 萬元。