農委會說，依農田水利會組織通則第 19 條規定，農田水利會會長須綜理所有業務，指揮監督所屬員工及事業機構，對外代表該會，工作繁重且責任重大。早年會長係由政府從農田水利會員工或公務員中遴派產生，薪額由 550 起敘，逐年晉級，尚屬合理。然而目前會長已改由會員直接選舉產生，一屆任期為 4 年，產生方式與縣市長、鄉鎮市長雷同，其薪額若仍沿用遴派時期制度，將造成會長薪額低於會內職員薪額之現象，故將會長之薪額修正為自 740 薪額起敘。

　　農委會表示，以往臺灣省各農田水利會會長任職時間平均長達二十餘年，鮮少有會長薪額低於職員之現象，然本（ 99 ）年 5 月 15 日 臺灣省各農田水利會第 3 屆直選會長大幅改選， 14 位新任會長於 6 月 1 日 就職後，其中 7 位會長（ 4 位國民黨籍， 3 位民進黨籍）之薪額低於職員薪額， 2 位會長之薪額和職員相同，為合理修正會長之薪級，爰將修正案溯自第 3 屆直選會長就職日（ 99 年 6 月 1 日 ）生效。