針對媒體讀者投書指陳，農田水利會會長係由會員代表掌控一事，農委會指出，農田水利會先由會員先選出會員代表，再由會員代表選出會長之間接選舉制度，係早年之會長產生方式。自 91 年起，農田水利會會長已改由全體會員直接選舉產生，一屆任期為 4 年，會長產生方式與縣 ( 市 ) 長、鄉 ( 鎮、市 ) 長雷同。

　　農委會說，臺灣農田水利組織發展迄今已有三百餘年，發展初期多由民間集資築埤開圳，以引水灌溉農田，屬民間農民團體，其後其組織歷經多次變革。農委會自民國 91 年直接督導農田水利會業務以來，不斷因應社會發展與需求，監督輔導農田水利會改進人事、財務、工程、灌溉管理、會計等制度，期使其發揮提供農民灌溉排水服務之公益功能。

　　農委會表示，該會已邀請產、官、學界組成農田水利會組織通則研修小組，廣納各界意見，包含會長及會務委員資格條件、農田水利會改制為公務機關、會長及會務委員改由政府遴派、防範農田水利會人頭會員等議題，俟取得各界共識後，農委會將再度推動農田水利會組織改革法案，以使農田水利會符合最新時代需求。