針對環保團體指稱農委會放任農田水利會，長期以 U 型溝、水泥擋土牆施作，讓農田水圳水泥化，瓦解農村生態乙事，農委會強調，指陳並非事實，該會並提出說明，有關農田水圳以混凝土 U 型溝施作，農田水利會係依當地農民意願辦理，目前灌溉渠道用水泥興建Ｕ型溝，可有效減少輸送過程之滲漏損失，確保渠道末端農民灌溉用水，且灌溉進入農田後，每年可補注地下水約 20 億噸，對環境生態具有正面功效。農委會亦希望農田水圳能以生態工法來施作，未來將加強推廣生態工法的農田水圳。

推廣各種生態工程 辦理優良生態工程觀摩

　　農委會表示， 農田灌排渠道大約可分為灌溉、排水及給、排水兼用三種渠道，依據農業工程研究中心之研究數據顯示，一般未經更新改善之土渠或砌石溝每公里每年滲漏約 7 公噸的水，影響渠道末端農民的灌溉用水。

　　為維護台灣之農業生態環境，農委會相當重視並鼓勵農田水利會採用生態工程工法辦理所轄灌排渠道之更新改善，並於 92 年訂定「農田水利建設應用生態工法規劃設計與監督管理作業要點」，作為各農田水利會辦理生態工程之參據，每年舉辦優良生態工程之觀摩，邀請專家學者對農田水利會員工授課，宣導並教育農田水利會如何因地制宜，適地適用各種生態工程方式辦理更新改善。

維護生態保育兼顧農民需求

　　農委會指出，農田水利會在推廣生態工程時，因梯形土溝或砌石溝較 U 型溝需更多之設施使用面積，影響農民可種植作物之土地面積，故每當農田水利會提出渠道將採用生態工程方式時，大部分農民即提出反對意見，要求農田水利會改以安全、不易滲漏、不易滋生雜草阻塞通水，使用年限可達 40 年至 50 年之混凝土 U 型溝方式辦理改善，且方便後續之管理維護，農田水利會為順應當地農民意願，最後大多採納農民意見辦理。

　　農委會強調，為取得生態保育與地方民意之平衡點，對於灌溉渠道更新改善部分，已敦請各農田水利會儘量以生態工程原則設計，惟為兼顧農民之需求，同意以混凝土 U 型溝方式辦理改善，排水渠道部分，則以不打底具生態工程之原則方式辦理改善，以利入滲補注地下水及維護自然生態。