農委會表示，「農地農用」是農地利用的核心價值，該會對報載屏東縣曹縣長及民進黨指出「蘇嘉全農舍案被舞弄了一個多月」「對農舍進行政治操弄」等，嚴正表示與事實不符，並深表遺憾。另就自由時報登載，屏東縣政府農業處強調「軍人、醫生、老師都可快樂當農民」，農委會對此亦表示，地方主管機關應本於職責，依法、依事實審認農舍興建案，不宜過度解讀 12 月 7 日回函公文內涵，並誤導非以農業經營為目的者興建農舍，對農業發展與農地利用均將產生非常不利的影響。

　　農委會進一步說明，該會針對屏東縣政府來文，函復說明「農民為直接從事農業生產之自然人，因此農民資格須依事實審認，而非僅以職業別為審認依據」，該函要求屏東縣政府應「依事實審認」，不應斷章取義，只局部引用「非僅以職業別為審認依據」，甚至對媒體公開宣稱「軍人、醫生、老師都可快樂當農民」，農委會就該府對該公文之斷章及過度解讀，深表遺憾；並且憂心，如果身為公務員對農舍興建審認亦作此主張，或自行興建農舍，無疑是對未來農地維護與管理作了非常負面的示範。

　　農委會特別強調，該會在給屏東縣政府的回函中有明確指出，屏東縣政府至今仍未就洪恆珠女士農地扣除農舍後之 90% 農地是否符合「農地農用」規定、申請農業設施時所附經營計畫書等是否依法使用等實情，有所審認說明。農委會認為，縣市政府應本於職權，就該案當時申請農業設施時所附經營計畫書，依事實審認並作合理判斷。同時該會也提醒，相關審認應該要符合當地農業生產之ㄧ般使用概念，以共同努力維護農地農用、落實優良農地的保育。