有關花蓮蓮貞牧場無特定病原（ SPF ）豬場遭檢舉認證過期，被檢方依詐欺罪起訴，花蓮縣政府也開單處罰，但業者向農委會訴願獲認定證書仍有效一節，行政院農委會表示，該案之訴願處理程序，蓮貞牧場對於花蓮縣政府 100 年 6 月 10 日及 100 年 6 月 17 日之行政處分書提起訴願，期間經兩次補充訴願理由，並申請陳述意見及言詞辯論，該會訴願會於本 (101) 年 3 月 5 日作成訴願決定，決議將原處分撤銷。

　　該會表示，該訴願案係花蓮縣政府以該牧場自 96 年 1 月起即不符合無特定病原（ SPF ）豬場認證查核作業要點規定，且自 98 年 8 月 5 日本會公告恢復臺灣本島及金門馬祖地區養豬場 12 至 14 週齡以上且未曾注射口蹄疫疫苗肉豬須注射 1 劑疫苗義務迄今，未重新申請認證，認蓮貞牧場違反動物傳染病防治條例第 13 條之 1 第 1 項及同條第 2 項授權訂定之清除豬瘟暨口蹄疫所需疫苗之種類及其管理辦法第 10 條及第 11 條第 1 項第 1 款規定，依動物傳染病防治條例第 45 條第 3 款、行政罰法第 25 條規定及「花蓮縣政府及所屬機關處理違反動物傳染病防治條例、動物用藥品管理法、動物保護法、獸醫師法及農藥管理辦法等行政罰鍰裁量基準」，就蓮貞牧場未施打豬瘟及口蹄疫疫苗之行為受裁罰部分，依法審認是否違法或不當，審認結果認為該案尚有未妥之處應再進一步釐清，所以決議原處分撤銷，並未對於蓮貞牧場無特定病原證書是否有效作一判斷。