本會自1998年補助「財團法人農漁會聯合資訊中心」建置「聯合農產品網路商城」，並於2006年起由財團法人農漁會聯合資訊中心持續經營，提供農產品銷售的多元化管道。另於1999年輔導新北市農會建置「新北市農會真情食品館」，該網站於2010年5月與Yahoo奇摩超級商城合作開闢購物專區。農漁會亦因應電子商務發展，自行建置南農電舖、漁夫鮮撈等電子商務平臺等，協助農漁民、產銷班及農漁會行銷「安全、環保、健康、養生、優質」之農漁特產品。本會為協助具安全農產品標章生產者運用電子商務建立直銷通路，自2012年起連續3年辦理「安全農產品電子商務獎勵活動」，一方面彙整安全農產品商品資訊及購物連結，提供消費者便利可靠的消費推薦模式；另一方面提供銷售額10%獎勵金予農民，輔導具競爭力且安全之農產品建立直銷管道，另亦結合通路的資源辦理整合行銷活動。

　　為擴大協助發展農產品電子商務市場，本會設立「農產品電子商務推動小組」，積極規劃推動下列工作：

• 強化農業人才建立「電農體系」（電子商務之農產品供應農民，簡稱電農 ） ，將自青年農民、農村再生農民甄選適合之農民，供應電子商務所需產品，並強化電農電子商務基本知能，降低電農與電商在資訊溝通上的差異。
• 協助電農與農業電商合作，提供優質且穩定的貨源予農業電商，穩固農產品電子商務產銷價值鏈。
• 持續推動農產品安全認驗證工作，如CAS有機農產品、產銷履歷、吉園圃安全蔬果、CAS臺灣優良農產品、臺灣農產品生產追溯二維條碼等，讓消費者在網路上安心購買農產品。
• 優化農產品生產供應鏈，透過本會試驗改良場所的研發能量及技術推廣服務以精進農產品生產。

　　此外，本會於2015年12月1日-2016年2月29日舉辦「國產農產品安心購！滿500送100」網路購物活動，國內近40家電商平臺參與，鼓勵消費者透過網路購買國產農產品，並藉此加強國內農產品電子商務交易。