為因應加入世界貿易組織，必須調整稻米、雜糧、蔗糖保價收購作物之生產結構，行政院農業委員會自八十六年七月起推動「水旱田利用調整計畫」，對於調整生產之面積，輔導農民辦理休耕或輪作其他適當之地區性作物，八十九年第二期作輪作休耕面積為一一萬三千公頃，估計應支付休耕直接給付及輪作獎勵金三十九億餘元，本期作獎勵金仍依往例交由其所屬各區糧食管理處及辦事處辦理核發，並於九十年元月農曆春節前透過農會直接存入農民帳戶。

　　農委會指出，由於各基層單位全力配合，執行本計畫頗具成效，在穩定稻米供需方面，初步統計民國八十九年稻作面積已調降為三四．七萬公頃，稻米產量一五八萬公噸糙米，接近計畫生產目標；在降低農業境內支持方面，雜糧八十九年契作面積調降至二萬公頃，契作原料甘蔗種植面積八八／八九年期降至一．二萬公頃，達到預期成果。該會說明，「水旱田利用調整計畫」將於今年年底結束，鑑於我國即將加入世界貿易組織，對稻米、雜糧及契作甘蔗等保價收購作物，必須進一步調整產業結構，以因應爾後農產品進口與 削減境內農業支持之規範，目前已研擬接續之「水旱田利用調整後續計畫」正陳報行政院核定中，實施期程自明（九十）年元月起至九十三年十二月止，為期四年。