農委會表示，種豬事業為養豬產業之火車頭，因此，其經營成效影響養豬產業發展至鉅，目前該會正積極推動種豬聯合育種制度，以現有全國種豬資料庫為基礎，並輔以種豬後裔母豬之繁殖性能與後裔肉豬之生長性能等資料，以動物模式(BLUP)計算種豬之育種價，藉由整合種豬場間之優良基因將該等優良基因快速導入肉豬群，以提升純種豬選種效果，擴大優良種原之散佈及提升肉豬場生產效率，進而增進國產豬肉品質。

　　農委會指出，該會已輔導獲得ISO9000國際品質認證的福昌、水波及東盈三家種豬場，結合下游的繁殖場或肉豬場以策略聯盟方式，建立高肉質豬肉基因種原供應體系，未來藉由種豬場、繁殖場及肉豬場的分級專業經營與程序化生產管理，並進行資料之收集與建立雙向資訊管道，可有效且快速將高性能及高肉質基因之種豬推廣到肉豬群。因此，種豬聯合育種之推動，將可大幅降低純種豬場之育種成本及提昇養豬產業的生產效率，並進而生產高品質及規格化的肉豬，建立有特色的品牌豬肉。

　　農委會表示，面對加入WTO豬肉產品開放市場之激烈競爭，該會將輔導養豬產業朝生產高肉質豬隻之方向發展。另為擴大高品質豬肉之供應，該會亦將輔導此高肉質豬肉種原供應策略聯盟體系與現有之優良豬肉產銷策略聯盟體系結合，以全面建立國產優良高肉質豬肉品牌，提昇國產豬肉市場競爭力。