隨著社會結構變遷，經貿自由化、國際化，以及我國加入ＷＴＯ後，農會正面臨內外壓力與發展瓶頸，行政院農業委員會積極協助農會經營轉型以提昇競爭力。

　　農委會表示，農會傳統上是地方資源及資訊的匯集所在，掌握豐沛的社會資源，農會具備農村社區綜合性多功能生活中心的條件，在台灣社會發展過程中扮演十分重要的角色，但近年來，農會偏向追求信用業務的發展，忽視多功能生活中心的其他社會價值，結果產生許多問題。農委會指出，該會未來將輔導農會經營轉型，重新整合農會組織結構與功能，建立農會在不偏重信用部盈餘奧援下，加強拓展供運銷、倉儲、推廣教育及保險等業務，以求永續經營及發揮服務農民之職能。

　　農委會指出，該會自八十九年七月接掌農會中央主管機關後，即研修農會法，並於九十年一月二十日完成修法，增加農會可經營農產品進出口業務、農業旅遊及農村休閒事業條文，規範可由五家以上農會共同投資組織股份有限公司。該會並於九十年九月十四日頒訂農會出資或投資審核辦法，作為農會經營轉型的法源。此外，並於本（九十一）年七月在農業發展基金中提出農會興辦事業專案貸款計畫，提供總額九億元年息百分之三‧五的農會經營轉型資金，以掖注農會轉型所需之資金需求。

　　農委會指出，目前各農會均積極推動業務轉型事宜，例如：台北市正籌組「農產貿易公司」，台北縣預計籌設「農產運銷公司」，彰化縣已召開籌設「彰農貿易股份有限公司」發起會議，雲林縣預定成立「雲林縣農產品物流中心」，嘉義縣則由縣政府籌設「嘉義農產運銷公司」，台南縣計畫成立「台南縣農產品規格標準化處理中心」，高雄縣也已召開籌設「高雄農業開發股份有限公司（物流公司）」會議，宜蘭縣已於八月召開「蘭陽農產貿易股份有限有公司」籌備會議；另外今年五月由鹿野地區、關山鎮、富里鄉、鳳榮地區、六甲鄉等五家農會共同投資台東鹿野鼎開發股份有限公司，發展農村休閒旅遊業，已獲農委會通過，為全國第一件農會共同投資股份有限公司案例。

　　農委會又表示，該會已於本（九）月十一日成立「農會經營轉型促進委員會」，邀集農會界、學界、專家及企業界共同組成，以從農會法規、農會結構、農會功能的改變及轉型，以發揮農會服務農民之職能。

　　農委會最後指出，台灣農會的機會大部分仍然是掌握在農會自己的手裡，多年來農會從政府輔導及協助中，已經累積相當可觀的資源，這些包括品牌、設施、資金及人力資源，必須有效結合產生資源使用的綜效，農會供銷、保險及推廣部門經由策略結盟以整合經營，也是台灣農會的機會。