行政院農業委員會表示，本次台南地區黑面琵鷺死亡事件之原因，經專家學者及相關單位初步研判，可能是因為黑面琵鷺吃了受肉毒桿菌污染腐死魚類造成。

　　農委會說，經初步了解，本次所搶救黑面琵鷺廣布整個大七股區域。該區域之水質、死亡魚隻等經初步檢驗後並無特殊異常情況。搶救黑面琵鷺個體的體重普遍偏輕，死亡之黑面琵鷺經病理解剖檢驗並未發現特殊病變。經屏東科技科大學蔡信雄教授、成功大學大王建平教授、師範大學王穎教授、農委會家畜衛生試驗所林士鈺所長等赴現場協助及察看後表示，除黑面琵鷺外，尚有其他鷺科鳥類死亡，故有受肉毒桿菌感染之可能性。

　　農委會呼籲，為保護這些珍貴的黑面琵鷺，該區域亟需熱心民眾與民間團體協助台南縣政府清理當地易產生肉毒桿菌之腐死魚類，以避免災情擴大。