行政院農業委員會表示，台南黑面琵鷺死亡原因經各研究單位及學者專家通力合作進行臨床症狀檢查、細菌分離鑑定、組織病理檢查、毒物試驗（包括生物毒物及化學毒物）、寄生蟲檢查及病毒檢驗等一系列完整檢驗後，已排除水質污染、農藥毒害及其他疫病之可能性，確定本次黑面琵鷺死亡原因為「Ｃ型肉毒梭狀桿菌毒素」中毒。

　　農委會說，由於Ｃ型肉毒梭狀桿菌，於厭氧環境下可大量繁殖，Ｃ型肉毒梭狀桿菌毒素為具水溶性，強烈毒性且有不同類型（本次發病之類型對人類無感染性）。因此於本事件發生之初，雖即由衛生署疾病管制局取得人類用之肉毒梭狀桿菌毒素抗毒素，然此抗毒素對黑面琵鷺並無療效，故當毒素開始作用後，只能以支持療法來加強黑面琵鷺體能，使其將體內毒素逐漸排出。

　　農委會說，自十二月九日本事件發生後，該會及各級政府及民間保育團體即全力投入傷病黑面琵鷺救援、病因追查確認及漁塭環境清理等工作。截至今（十六）日上午八時三十分，計尋獲黑面琵鷺六十三隻，其中五十三隻不幸死亡，十隻仍在加強救護中（台南縣家畜疾病防治所八隻，特有生物研究保育中心二隻），目前情況穩定良好，部分業可站立行走及主動進食。自十二月九日案發迄今，除前二日有大量鳥隻傷病外，目前所尋獲均為死亡多日之鳥體，顯示此為單一事件。

　　農委會表示，由於國內並未生產野生鳥類使用之肉毒梭狀桿菌毒素抗毒素，為避免此類事件發生，除業已先向國際間緊急採購備用外，並由該會家畜衛生試驗所進行研發生產，以供未來類似案件之需。