為因應加入世界貿易組織削減農業境內支持，必須加速調整稻米、雜糧、蔗糖等保價收購作物之生產面積，行政院農業委員會除持續推動「水旱田利用調整後續計畫」，輔導農田辦理輪作地區性農特產或種植綠肥、翻耕等生態維護措施外，配合入會後稻米限量進口，並自本（九十一）年第二期稻作起實施分年分區輪流休耕措施。

　　農委會表示，九十一年第二期作輪作休耕面積約為一三．四萬公頃，估計應付休耕直接給付及輪作獎勵金約五十億元，為儘速發放予農民，對於休耕期限較早結束地區，且補貼清冊經縣市政府及該會所屬當地區糧食管理處或辦事處審核完竣者，即可辦理發放作業。本期作獎勵金自九十一年十一月下旬起陸續發放，最遲於九十二年元月中旬農曆春節前透過農會直接存入農民帳戶。

　　農委會指出，九十一年保價收購雜糧契作面積已降至一．六萬公頃，契作原料甘蔗種植面積亦降至０．三八萬公頃，均已大幅調降生產面積，降低農業境內支持。惟在調整稻米方面，九十一年計畫生產面積三十萬公頃，稻作面積初步調查統計約三十．七萬公頃，超出年度計畫目標二．三％，往後稻作方面如不持續調整，當市場糧價下跌，稻農繳交公糧比率提高時，將無法達成削減農業境內支持目標。

　　農委會表示，未來推動之稻米產業相關措施，一方面加強輔導良質稻米生產及銷售，以提升國產米之競爭力；一方面實施計畫生產，持續調降稻作生產面積，以確保國內糧食安全及維護產業的永續發展。另外，由於都市型地區種稻或零星地稻米產區，稻田因零散不易集中，較無法有效降低農民生產成本，農委會籲請該等地區稻農踴躍參加本計畫輪作或休耕。