阿里山森林鐵路神木線區間車於三月一日發生事故，經農委會林務局嘉義林區管理處連日搶修，並即訂定「阿里山森林鐵路運轉暨養護維修標準作業程序」，交通部台灣鐵路管理局檢查小組三月七日前往複檢通過，農委會在三月九日試行運轉後宣布，阿里山森林鐵路於三月十日下午一時三十分起恢復行駛。

　　農委會表示，本次事故發生後，為保障森林遊樂區遊客安全，小火車暫時全線停駛，該會林務局嘉義林管處於三月二日配合檢察官，會同交通部鐵路局行車保安委員會完成現場及列車勘驗，即全面進行鐵路及火車設備之安全檢修，並建立標準作業程序。

　　農委會說，現場勘驗後，林務局於三日調用怪手等大型機具，將毀損車箱調離現場並進行路基及鐵軌整修；四日完成整建路基、舖設枕木鋼軌、夯實道碴及增設撐木等工作；交通部中部辦公室及鐵路局工務處於五日指派鐵路工務、機務、電務及運務專家組成履勘小組，協同林務局嘉義林管處鐵路課人員，分組進行鐵路全線整體檢查工作，並進行深入討論，於六日提出整體查核報告，同日嘉義林管處立即動員，全力投入改善工作，並就擬具之標準作業程序進行操演。七日上午交通部履勘小組就其中應改善事項進行複驗，於上午八時自嘉義發車試車，全部流程於十二時五十分完成，複驗通過。

　　農委會副主委戴振耀於三月九日上午親自自嘉義試車上山，並於中午原車下山返回嘉義北門車站。試車過程一切順利，戴副主委振耀十六時二十分於北門車站宣佈阿里山森林鐵路自三月十日（星期一）下午一時三十分以新面貌重新出發。

　　戴副主委並指出，在恢復通車初期，將採取減班措施，以維護乘客安全。減班原則如下：
一、週一至週五仍照原訂班次，嘉義至阿里山在九時、十三時三十分各開一班，由阿里山至嘉義在十三時十八分及十三時四十分各開一班（掛四節車廂）。惟三月十五、十六日雖為假日但不增開加班列車，嗣後假日再於車輛及人員調度野i情形下適度酌增班次。
二、阿里山至神木之區間車，平日不開；例假日及花季、寒暑假視遊客人數開車，惟行車起訖時間限於上午八時至十一時三十分、下午二時至五時，以減少行車班次。
三、祝山線將視遊客人數機動開車。