農委會表示，有關媒體報導基因轉殖木瓜販售情事，該會前已與衛生署協商就基因轉殖植物種苗管理、農產品查驗登記與標示作業等方面，積極擬訂相關管理措施。另針對執行基因轉殖木瓜試驗之研究單位，調查其周遭方圓兩公里處是否有木瓜果園，並取樣檢測。經查訪結果，除該會農試所農場附近之兩處果園，經分子檢測呈陽性反應，證實有部分基因轉殖木瓜植株外；在木瓜園較集中之南投地區兩處果園，以及中部最具規模之台農木瓜種苗場逐一進行取樣檢測，皆呈陰性反應。至於中興大學北溝農場周圍，以及該會農試所嘉義分所、花蓮場、種苗場暨屏東種苗繁殖中心等單位方圓兩公里內進行訪查，均無木瓜果園存在。

　　農委會特別指出，對於該會農試所農場附近之果園出現基因轉殖木瓜植株部分，由於農試所隔離試驗場之進出均有嚴格登錄管制，試驗之基因轉殖木瓜數目需造冊點交，檢測分析後亦均就地掩埋。因此，其附近之基因轉殖木瓜絕非由該所流出，目前亦正著手瞭解附近木瓜果園的種苗來源。

　　農委會並說明，目前國內研發之基因轉殖木瓜於九十年三月間已獲該會基因轉殖植物審議小組審議通過完成隔離田間試驗，並無影響國內生態安全之虞。惟為落實國內基因轉殖種苗之管理，該會研定的「基因轉殖植物田間試驗管理辦法」已完成預告作業，預計今年底可公告施行；以及擬定「植物種苗法」新增修條文，業於今年四月二十五日報院核轉立法院審議中。並於今年九月三十日修正「種苗業者設備及標示準則」，明定銷售之種苗為基因轉殖者，應標明其為基因轉殖植物。其未依規定標示者，將依植物種苗法第四十四條處新台幣九千元以上六萬元以下罰鍰。

　　農委會同時強調，對於衛生署藥物食品檢驗局九十二年度調查市售基因轉殖木瓜之檢驗結果，已函請台中、嘉義、屏東及花蓮等縣市政府，儘速向轄區內種苗業者加強宣導繁殖販售基因轉殖植物之種苗，均須按現行規定標示清楚，必要時請抽樣送農試所予以鑑別。