農委會對中華民國關愛動物保護協會指責動物保護法施行五年績效不彰一事，特予提出嚴正澄清，該會指出，自動物保護法施行以來，不論中央與地方政府均兢兢業業努力推動動物保護業務，並積極辦理寵物與寵物業登記、設置動物保護檢查員、興建及改善動物收容所、加強認領養與絕育、推動人道捕犬作業規範等措施，該會亦表示，推動動物保護工作永無止盡，目前雖尚有許多有待加強及改進的空間，但絕無法接受該團體指稱台灣為「寵物殺戮戰場」之指控。

　　農委會並針對不實指控及其錯誤認知逐一說明，農委會又表示，對民眾檢舉或輿情報導疑涉違法案件均予受理並積極查處，但部分案件因無人、事、時、地、物等事證，或為網路流傳陳年之舊案，故難對該類個案具體懲處，然凡查有實證之案件均已依法處分在案。另對該團體指控政府花費八億元興建收容所，但動物收容環境仍未改善乙節，農委會澄清，自八十八年至九十二年，該會補助縣市政府興建修繕收容設施、流浪犬認領養、教育宣導等相關業務經費，經統計約三億一千萬元，各地動物收容處所，亦已逐年改善收容環境，而少數發生管理不善之收容所亦經依法懲處，以落實人道收容管理流浪動物之政策，另農委會亦積極推廣犬隻認養，各收容所均配合執勤時段，開放民眾前往認養動物，領養率自八十八年的七％提昇至九十二年之二０％，又公立動物收容所之管理及處理亦訂有規範，犬隻送進收容所必須點交並予紀錄，對該團體指控公務單位涉提供捕獲犬隻供作香肉或實驗動物乙節，經查並無相關事證。另就流浪犬捕捉方式，該團體指稱動物保護法通過後應由動物保護人員執行捕犬業務，應係對法令規定有所誤解，動物保護檢查員之設置係為執行違法案件之調查處理，捕犬作業係由地方政府依業務人力考量指派適當單位辦理，為加強捕犬人員之捕犬技能，農委會歷年均持續辦理人道捕犬訓練，教導捕犬人員正確之捕犬技巧並避免傷害犬隻。

　　對該團體所提出犬隻晶片植入之問題，農委會表示，流浪犬經捕捉依法均應送交各地公立動物收容處所，由工作人員以全頻式晶片掃瞄器進行辨識，只要飼主依法為犬隻植入晶片，犬隻如走失並被送往公立收容所應無無法辨識之虞，目前全國累計協助尋獲失犬約一千八百隻，該團體所稱已植晶片家犬走失後經收容仍有四成找不到飼主，農委會推測應係指犬隻經送交私人收容所或獸醫院，如其未備置全頻式晶片掃瞄器，方會產生無法辨識問題，因此，農委會亦藉此呼籲民眾，如拾獲犬隻應與各地公立動物收容處所聯繫並送交處理，以利走失犬隻之協尋。