澎湖縣、金門縣、連江縣、台東縣蘭嶼鄉與綠島鄉及屏東縣琉球鄉等離島地區，由於天然地理環境特殊，行政院農業委員會為促進離島當地農業發展，並維護離島自然生態，以改善離島農漁民生活，特別針對各離島之特殊環境，將當地生產、生活與生態資源結合，配合休閒農漁業發展，加強輔導各離島縣市政府推動各項離島農業建設計畫，俾利帶動離島農業產業結構轉型，促進離島農業永續發展。

　　農委會表示，該會本（ 96）年度將運用行政院離島建設基金經費約1億5千萬元，辦理離島各項農業發展計畫。發展重點包括「離島安全農業與特殊產業輔導」及「離島生態保育及環境維護」兩方面。

　　農委會說，在輔導離島安全農業與特殊產業方面，主要在配合農漁牧轉型休閒農業及發展觀光，加強輔導當地特色農產品之產銷，並將推動離島有機農業及產銷履歷，除可促進產業轉型，增加農民收益，俾利永續經營外，更將有利農產品消費安全。例如推動金門縣安全農業發展計畫，配合有機農業及生產履歷制度推動，對金門居民及旅客農產品消費安全當有所助益，另對金門傳統石蚵與高梁酒糟優質牛肉、澎湖花生與風茹草、琉球芒果等離島當地特殊農特產品，亦將加強加工與產銷輔導等，期能建立品牌特色，以增進農民收益。

　　至於在離島生態保育及環境維護方面，農委會表示，為維護各離島生態環境資源，兼顧休閒旅遊及觀光發展，將加強離島休閒漁業發展、漁業資源與生態環境調查監測、原生種魚介類復育等休閒、生態資源保育相關計畫，並加強環境綠美化及違規取締，以確保離島生態資源及環境永續發展，例如加強金門鱟魚之巡護觀測、澎湖珊瑚礁及硨磲貝生態復育、馬祖露脊鼠海豚研究保育、蘭嶼海鄉計畫等。

　　農委會強調，各項離島農業計畫係因應各地區特殊環境因素而擬訂，對促進離島當地農業轉型、生態保育與環境維護等發展將極有幫助，亦可藉以改善離島農漁民生活。