行政院農業委員會為促進澎湖縣、金門縣、連江縣、台東縣蘭嶼鄉與綠島鄉及屏東縣琉球鄉等天然地理環境特殊之離島地區農業發展，維護離島自然生態及改善離島農漁民生活，特針對各離島之特殊環境，結合當地生產、生活與生態資源，配合休閒農漁業發展，加強輔導各離島縣市政府推動各項離島農業建設計畫，俾利帶動離島農業產業結構轉型，促進離島農業永續發展。

　　農委會表示，為加強離島農業建設，該會本（ 96 ）年度補助各離島共計約 1 億 3 千萬元，辦理漁港設施改善、營造漁村新風貌、輔導轉型休閒農業及改善農漁民生活等相關農業建設，並加強辦理離島之漁船巡護與各項疫情調查及防疫措施。此外，該會本年度亦運用行政院離島建設基金經費約 1 億 5 千萬元，辦理離島各項農業發展計畫，發展重點以「離島農產業輔導」及「離島生態保育及環境維護」兩方面為主。

　　農委會在輔導離島農產業發展方面，主要在配合農漁牧轉型休閒農業及發展觀光，加強輔導當地具特色農產品之產銷，並推動離島安全農業及產銷履歷，以促進產業轉型，增加農民收益，俾利永續經營，更將有利於農產品消費安全。至於在離島生態保育及環境維護方面，則以兼顧維護各離島生態環境資源及發展休閒旅遊觀光為主，加強推動離島休閒漁業發展、漁業資源與生態環境調查監測、原生種魚介類復育等休閒、生態資源保育相關計畫，並強化環境綠美化及違規取締，以確保離島生態資源及環境永續發展。

　　農委會強調，各項離島農業計畫係特別針對各地區特殊環境因素所因應擬訂之計畫，對促進離島當地農業轉型、生態保育與環境維護等發展極有助益，亦可藉以改善離島農漁民生活品質。