針對近來媒體關切兩岸農業交流可能帶來之後果及危機，行政院農業委員會回應表示，兩岸將在對等、互利、互補、互惠之交流原則下，基於「立足臺灣、佈局全球」之原則，除日本及美國等重要外銷市場外，中國大陸亦是台灣拓展農產品國際市場的選項之一。由於兩岸經濟發展程度不同，農業發展條件各有優勢，台灣在資金、技術及產銷制度方面較具優勢，中國大陸則在土地、勞力資源及市場方面較具優勢，推動良性的農業交流，對雙方農業發展均有助益，應為雙方共同之期待。

　　農委會進一步說明，為避免兩岸農業交流產生之問題，如技術外流、商標遭搶註、動植物疫病入侵等問題，以及隨著大陸農產品在中國內地及國際市場與台灣農產品競爭，農委會已持續加強採取各項因應措施。在貿易方面，政府將持續管制37%約830項農產品未開放中國大陸進口，其中包括重要關稅配額農產品如稻米、花生、大蒜、乾香菇等以及大宗蔬菜如甘藍、結球白菜、花椰菜等主要生鮮蔬菜，以避免我國農業遭受低價競爭，以維護農民權益。已開放自中國大陸進口之農產品項目雖占63%，但大部分屬國內生產不多或非敏感性產品。在外銷方面，依日本政府統計，96年我國輸日之活鰻(占第一名)、凍藏鮪鰹旗魚(占第一名)、文心蘭、鳳梨、毛豆、結球萵苣等農產品占輸日前三名，單價均較大陸生產者高，顯示我國優質、安全農產品已獲日本消費者認同。

在投資方面，為避免台商赴大陸進行農業投資，導致我國優良農業科技與品種流入大陸，影響我農業長遠發展，農委會已將436項國內具技術優勢或生產仍多之農產品，如種畜、種苗、水產苗等，公告為「在大陸地區從事投資或技術合作農業禁止類之產品項目」，至於其他赴大陸投資可增加產業競爭力之項目或國內已無生產之農產品則列「一般類」項目。

　　在農業智財權方面，有關台灣農漁畜產品著名產地地名在中國遭搶註商標之處理，茶葉之「阿里山」、「日月潭」、「霧社之春」及「梨山」地名商標業於96年1月及4月間完成撤銷，「西螺」醬油、「池上」米及「燕巢」芭樂於97年底裁定撤銷。農委會並已修正「植物品種及種苗法」防止受保護品種流出國外及栽培後收穫物或加工品回銷台灣之問題。

　　在動植物疫情方面，農委會禁止活動物及其產品進口，加強查緝走私動物及禽鳥等，建立牧場監測網，以隨時掌握疫情，並建立禽舍圍網，防止候鳥透過留鳥與家禽接觸等，加強防範措施，並隨時掌控疫情資訊，以避免重大動植物疫情之發生。

　　農委會指出，我國以「立足臺灣、佈局全球」原則，積極拓展國際市場，持續在日本、歐美、大陸及中東等國辦理形象宣傳及通路促銷活動，以提升台灣優質安全農產品知名度，增進外銷量值，穩定農民收益。另一方面臺灣農業仍需持續提升國產品之競爭力，推動「小地主大佃農」政策以擴大農場經營規模及效率，促進農產業之升級。未來亦將透過兩岸農業協商方式，在中國大陸申請相關智慧財產權保護之機制，以防止我國有研發成果在中國被違法侵權使用，以確保臺灣農業技術之發展優勢，維護我國農業之永續發展。