有關媒體報導質疑農村發展基金會網站全是中國農業政策宣導資料乙節，農委會澄清表示，該基金 會係民國 94 年以前接受農委會補助進行中國大陸農業資訊收集，秉持資源共享之原則，該基金會自民國 90 年 6 月起將相關收集內容公開置於網站上，以供社會大眾參閱，增進國內相關單位及人員對大陸農業發展之瞭解，並未涉及大陸農業政令宣導 ，該基金會與中國大陸農業交流活動僅限於人員交流互訪，並未涉及技術與品種之相關項目 ，本會自 95 年以後未再對該基金會進行補助任何計畫。

　　依據農村發展基金會捐助章程第 5 條第 2 項規定，董事會由董事 9 人至 15 人組成，並由董事中互選 3 至 5 人為常務董事，再由全體董事從常務董事中推選 1 人為董事長 ， 董事長乙職並非如外傳所言由官方指派。 該基金會政府捐助比例極低，僅占其基金總額 64,493 仟元之 0.24% ，農委會於該基金會成立時出資 60 萬元，僅佔基金總額 0.09% 。