莫拉克颱風造成農漁業災損，農委會彙整各縣市政府查報資料顯示，截至 8 月 11 日 15 時止，全台農業災害損失金額達 72 億 5,977 萬元，其中雲林縣、嘉義縣、台南縣、高雄縣、屏東縣、花蓮縣及台東縣經複勘結果符合「農業天然災害救助辦法」現金救助標準，農委會已公告為辦理農業天然災害現金救助地區，可於公告翌日起 10 日內受理申請辦理現金救助。同時亦公告苗栗縣、台中縣、台中市、彰化縣、南投縣、雲林縣、嘉義縣、嘉義市、高雄縣、屏東縣、花蓮縣、台中縣、台南縣、台東縣等 14 縣市為辦理農業天然災害低利貸款地區，協助受災的農漁民辦理災後復建及復耕。農委會主委陳武雄今（ 11 ）日主持救災會議時指示，颱風已離開，現階段工作應以營救受困民眾、農產品調度，並於第一時間做好死廢畜禽的處理及後續消毒防疫工作為要。

　　針對農產的供應，陳主委裁示，本次颱風豪雨如有道路中斷影響蔬果供應者，由農糧署協調交通部權責單位儘速搶通，及時供應蔬果。 截至本（ 11 ）日，主要農民團體大型冷藏庫庫存冷藏蔬菜約有 7,504 公噸，其中根莖類約 5,518 公噸、葉菜類 1,938 公噸及其他花果類約 48 公噸。農糧署將輔導農民團體加強採收及共同運銷作業，供應各通路需求，並將密切掌握市場供需及價格情形，採取調節措施。

　　本 (11) 日毛豬進場頭數為 22,045 頭，畜牧處將密切注意市場動態及加強豬肉之供需調節，另請各肉品市場提供中元節前 7 日預供頭數，預估中元節所需豬隻供應無虞。家禽部分整體損失比例尚可藉由產銷調節措施 ( 如凍存釋出等 ) 予以穩定，農委會除協調縣市政府積極協助受災農民善後，儘速恢復生產外，已協調各家禽產業團體積極調配，以維持消費需求。

　　目前國內遠洋漁獲秋刀魚、鮪旗類、鯊魚、油甘、魷魚等存量豐富達 9 萬多公噸，可適時釋出因應，因此市場魚貨供應不致匱乏， 遠洋北太平洋秋刀魚漁獲甚豐 ( 已運抵國內 9,348 公噸 ) ，可適時調節國內市場魚貨供需；另颱風遠離後海況回穩，沿近海漁船即可出海作業，漁獲供可望回復正常；至養殖水產品部分桃園池埤養殖吳郭魚產量約佔國內總產量 1/3 ，且均達上市規格，本次颱風未受影響，將協調該地區產銷合作社增加捕撈上市，供應市場需求。

　　為因應緊急救災需求，農糧署已於各縣市設置救災糧供應點提供 5 公斤裝白米，各縣市政府如有緊急救災需求，可逕向當地分署申請。高雄縣政府 9 日申請 3 公噸已提領，屏東縣政府增加申請 5 公噸，於本（ 11 ）日提領。

　　本次颱風豪雨造成畜禽淹斃，對於 死廢畜禽清理、消毒及防疫工作之中央與地方權責分工，陳主委要求防檢局建置完善機制，原則上中央提供協助、支援，由地方執行處理作業，並協同畜禽業者建立合力處理機制，國軍兵力亦已投入死廢畜禽之清理任務。

　　針對富岡漁港漂流木堆積量太大無法於短時間清除，為免船隻無法出入，致影響蘭嶼及綠島糧食運補，陳主委指示林務局與漁業署優先疏通航道，以利漁船先行通航，後續再處理其他不影響航道之漂流木。沿海各漁港漂流木之處理，除小琉球及鹽埔因道路積水問題，無法立即處理外，其餘十餘處漁港漂流木均可以在 1 、 2 日內完成清除。

　　截至目前為止，主要的農業損失包括農作物損失金額 29 億 1,199 萬元，被害面積 51,718 公頃，受損作物以香蕉倒伏最為嚴重，其次為木瓜、番石榴、番荔枝、二期水稻、竹筍及葉菜類水傷；畜禽損失金額為 8 億 9,711 萬元；漁產損失金額為 29 億 7,709 萬元。

　　農委會表示，該會將密切掌握各縣市受災情形，主動給予協助，各縣市農業損失金額若達到「農業天然災害救助辦法」門檻，農委會將由該會產業主管單位及試驗改良場會同縣市政府實地複勘，儘快讓現金救助及低利貸款到位；未達救助門檻地區，亦得依去（ 97 ）年 6 月 11 日修正之「農業天然災害救助辦法」規定申請專案補助。