莫拉克颱風造成農業嚴重災害損失，農委會成立 88 水災災後復建技術服務團，提供農業重建技術輔導及專業諮詢服務。針對農地沖積砂土埋沒無法耕種，農委會表示得以土地改良方式，由縣 ( 市 ) 政府綜合當地客觀環境視個案事實辦理，期以儘速復耕。如農地整地復耕不涉及外來客土者，得視為農地之合理調配使用，無須再另辦理許可使用，亦無違反非都市土地使用管制規定；至需回填外來客土之農地改良行為，可依平均地權條例施行細則規定，由縣 ( 市 ) 政府權責單位辦理，配合實地勘查後依事實認定，以簡化行政作業。

　　農委會強調，為照顧農民使埋沒農地早日恢復可供耕作，依據「莫拉克颱風災後重建特別條例」規定，並本於從簡從速之災後重建原則，主動提供下列處理方式給縣 ( 市 ) 政府、鄉 ( 鎮、市 ) 公所及農民作為執行或處理參考：

( 一 ) 農民因農地遭外來砂土埋沒，必須清運才能恢復農作經營狀態，倘經地方政府實地查核屬實確有必要，或是依農田 ( 魚塭 ) 埋沒流失等相關災害救助種類及標準造冊有案者，得逕予清運處理。

( 二 ) 各級政府亦可配合土地所在區域之加強水土保持計畫、堤防修復工程等具體需求辦理，或經縣 ( 市 ) 政府依農民之具體請求行為及申請實質內容，依個案或區域整體事實需要，進行土石清運。

( 三 ) 農民擬將農地復耕所清除之土石堆置於鄰近適當地區者，請縣 ( 市 ) 政府或鄉 ( 鎮、市 ) 公所等機關統籌規劃尋找適當地點，且應注意不得有造成二次災害或農地再度埋填之情事。惟如於山坡地內從事堆積土石行為，應注意水土保持法等相關規範，洽縣 ( 市 ) 政府水土保持單位協助處理。

( 四 ) 如 災區土地認定符合莫拉克颱風災後重建特別條例第 24 條：「 各級政府辦理災後交通搶通、重建、所需水資源、防洪重建工程、水庫營運安全與河川、野溪通洪等之疏濬、清疏及其產生土石之填復、暫置，不受土地管制、森林保護等相關法規及水土保持法第 12 條規定之限制。．．． 」等規定之處理者，得逕依該條例相關規定 辦理。

　　農委會同時考量考量災區農民清除外來沖積砂土等改良處理事宜，因與農田灌溉排水設施、水土保持計畫、防洪水利工程、土石清運路線及管控等均有關連，其皆屬地方政府跨處 ( 室 ) 業務。為加速辦理時程，農委會已函請縣 ( 市 ) 政府依權責分工辦理，或參依地方政府已訂 ( 修 ) 定之相關自治法規處理。如有法令或執行疑義，亦可提供區域實際案情及具體意見，供中央各目的事業主管機關研處或協助處理。