行政院農業委員會於 98 年 9 月 30 日行政院莫拉克颱風災後重建推動委員會第 6 次工作委員會議中，簡報農田 ( 魚塭 ) 埋没泥砂與外來沖積土石清運及農地重劃相關事宜，經吳院長裁示同意依據農委會所研擬之各項救助、作業及復建事項，積極推動辦理。

　　依調查統計，此次風災農田埋沒流失面積總計 8,932 公頃，以高雄縣 4,101 公頃、屏東縣 2,494 公頃及嘉義縣 1,200 公頃最嚴重。 農地流失及埋沒救助部分，農民可依經濟部訂定之「水災公用氣體與油料管線輸電線路災害救助種類及標準」向各縣市政府申請農田流失每公頃救助新臺幣十萬元，埋沒每公頃救助新臺幣五萬元。 鑒於本次災害損失嚴重，奉行政院 8 月 28 日指示由農委會於重建特別預算編列經費協助各縣市政府，中央擬補助 80 ％，另 20 ％由縣市政府負擔，並請縣市政府加強審核。

　　有關農田埋沒砂土之清運處理，法務部已釐清農田埋沒砂土非屬國有財，土地所有權人 ( 農漁民 ) 及政府均得自行清理及販售，地方政府亦可訂定地方自治法規以依循辦理，檢調機關並同意檢舉土石盜採案件將先向縣 ( 市 ) 政府查證，建立協商處理平台。

　　至於農地埋沒或流失須辦理農地重劃之地區，經與各縣市政府聯繫，目前因農民意願及河川堤防線尚未確定，無法計算需辦理重劃之農地面積。農委會依受災地區狀況概估約 1,125 公頃，分別為高雄縣旗山鎮旗尾區約 300 公頃、屏東縣高樹鄉舊寮區約 500 公頃、佳冬鄉大同區約 200 公頃及臺東縣太麻里鄉泰德區約 125 公頃。實際執行重劃面積，須經縣府徵求農民意願、經濟部水利署劃定堤線，確定重劃區域，辦理規劃審定後確定。農地重劃所需經費，由農委會籌措並優先補助辦理。

　　除農田流失、埋没救助外，為協助流失、埋沒果園儘速復耕，農委會經 9 月 29 日與縣市政府及受災嚴重鄉鎮公所會商，就災區內重要果樹，依不同復耕需求，採原株復育及重新種植 2 種方式輔導農民復耕。補助項目包括有機質肥料、清園、整枝清理費、種苗等費用。以蓮霧為例，每公頃 3 年可獲補助 11.9 萬元，連同前述救助每公頃 3 年共可補助 22.9 萬元。對於因農田埋没、流失必須辦理重劃者，因重劃期間無法從事生產，於核定辦理重劃期間，每公頃每期作補助 3.4 萬元，以協助災民度過難關。