有關自由時報刊載學者吳明敏教授投書「ECFA農業衝擊十問」乙文，農委會表示，現階段兩岸簽署ECFA不談農業議題，政府將繼續管制中國大陸830項農產品進口，絕不會新增開放項目，另已開放之1,415品項亦不降稅，因此ECFA不會對農業有衝擊；未來也只有當對台灣農民有利時，才會談農業議題，政府絕對會照顧農民朋友的權益。

　　農委會指出，吳教授預測ECFA將造成29萬農民失業，是以「棄守830項管制措施」為前提，與政府立場完全不符，馬政府早已洞燭先機，堅持繼續管制中國大陸830項農產品，因此不會有農民失業的問題，其研究結果僅可供學術研究參考。針對農漁民之疑慮，該會除將繼續下鄉向農民說明洽簽ECFA農業部門之上述立場外，並將依據過去因應加入WTO之成功經驗，加速農業產業結構調整，同時積極推動精緻農業健康卓越方案，促進農業轉型升級，增加農民就業，以維護我國農業的永續發展。

　　另有關吳教授質疑第4次江陳會兩岸簽署檢疫檢驗及標準認證協議，但中國大陸不會通報重大疫情及我國將降低相關標準乙節，農委會指出，我國檢疫檢驗標準都是依據相關國際組織規範來訂定，第4次江陳會兩岸簽署相關協議後，我國標準不會有任何改變，未來兩岸也會在符合雙方法規與WTO規範下，本諸資訊透明化及平等互惠原則，建立業務交流機制，實施及時通報重大疫情以及對重大突發事件進行協處等措施。至於吳教授指稱中國大陸進口農產品多數沒有標示產地，農委會表示，該會已協調衛生署加強進口農產品的標示及衛生查驗，以確保消費者權益。另對於非法走私及經第三地轉口的中國大陸管制農產品，該會亦協調各相關單位積極查緝，並已成立6個農產品協助鑑定小組，協調加強大蒜、香菇、花生與紅豆等敏感性農產品產地證明之複查。該會也呼籲消費者多多選用國產吉園圃安全蔬果、CAS及產銷履歷等認驗證食品，確保購買農產品的品質與安全。

　　另外，有關「開放陸資來台從事物流、批發和零售會不會壓縮台灣農民的機會」乙節，農委會表示，政府並未開放陸資來台投資涉及農林漁牧生產的服務業，目前僅開放畜牧顧問服務業，但排除「家禽孵育」及「家畜禽配種」等敏感科技業別，以保護我國農業研發成果；在批發及零售服務業方面，由於係引進投資促進我國產業發展，有助於增加國內就業機會，故列入開放項目，但排除「活動物」交易及農產品市場交易法所稱的農產品批發市場，因此不會壓縮台灣農民的機會。

　　又針對「我國初級農產品成本較高，簽署ECFA，我方是否具競爭優勢」之質疑，農委會指出，臺灣農產品出口至中國大陸之出口值，自91年度之0.7億美元至98年度增加為3.6億美元，成長5.5倍。98年生鮮水果及蔬菜出口至中國大陸金額分別為515.1萬美元及70.9萬美元，為97年之2.2倍及7.8倍，顯見兩岸直航後，確有利於臺灣生鮮農產品拓銷中國大陸市場，我國農產品仍具有競爭潛力。

　　最後，農委會強調，維護我農業永續發展及確保農民權益為該會最主要之任務，兩岸洽簽ECFA，政府將堅持不再開放830項農產品進口，因此不會對農業造成衝擊，政府目前規劃與中國大陸簽署ECFA，是為因應全世界的區域經濟整合，避免台灣經貿被邊緣化所採取的策略性作法，有助台灣經濟發展，希望全民都能支持。另外，未來與其他國家洽簽自由貿易協定時，也將援引各國洽簽自由貿易協定所採行的例外處理與彈性措施，並訂定特別防衛機制與原產地規範，爭取對我國農業部門最有利的談判結果。該會呼籲吳教授以正面思考方式提供建設性意見，共同為台灣未來農業發展打拼。