農委會表示，為提供優質動物性蛋白質來源，我國畜牧產業經多年發展，目前每年屠宰豬隻計約 872 萬頭，牛隻約 2.8 萬頭，家禽 2.5 億隻，惟豬、牛之飼養皆有畜牧廢水產生，如未適當處理，將造成河川污染。 農委會為因應民眾對環境品質的要求，業積極輔導農民進行污染防治，使其畜牧場排放之廢水達至放流水標準。

　　農委會指出， 國內畜牧廢水之產生主要來自養豬場及養牛場，為維護場內衛生及豬、牛的健康，農民習慣以清水沖洗畜舍，因而產生了大量的廢水。經農委會多年輔導，目前飼養規模 200 頭以上的養豬場，均已設置廢水或廄肥處理設施；由於廢水處理設施大多採用三段式系統，並以生物處理為主（包括厭氣和好氣處理），但在環境條件如氣溫或下大雨等急遽變化或農民操作不慎時，將導致微生物分解效率變差而使排放之廢水超過放流水標準，另因目前畜牧業從業人員平均年齡偏高、教育程度較低，且其廢水處理設備較為老舊，故輔導畜牧廢水符合放流水標準甚具挑戰性。

　　農委會說明，為因應上述挑戰，並配合行政院環保署河川污染整治工作，及各縣市政府、相關產業團體所提出需輔導之畜牧場，該會多年來加強執行「強化畜牧廢水輔導體系」計畫，以 98 年為例，全年已輔導養豬、養牛畜牧場計 301 場，提昇其廢水處理效能，推估計畫範圍內畜牧廢水每日約共可削減 BOD 、 SS 、 COD 計 2,906 公噸。另辦理相關縣市鄉、鎮、市公所業務承辦人員畜牧廢水處理技術講習觀摩會 4 場，提昇第一線工作人員之服務品質。

　　農委會最後表示，值此大眾環保意識高漲、人人講求生活環境品質的情況下，我國的畜牧業將面臨更嚴峻的挑戰，冀藉由強化廢水輔導工作，輔導畜牧業者污染防治觀念朝向減量、回收、循環、再利用之世界趨勢，並追求產業零污染之目標。