政府自1993年開放國人赴大陸地區進行投資或技術合作，其中農業類之投資項目，依據經濟部投審會的資料，累計迄2010年1月止，共計5,241件，金額44.25億美元(約新台幣1,416億元)，平均每年約2.8億美元。農業投資項目中，以食品、飲料製造業及皮革、毛皮及其製品製造業等為主，以農、林、漁、牧業等初級農業投資金額占6%。

　　為保護台灣農業研發成果及重要農產品之農戶權益，避免台商赴大陸進行農業投資，導致我國農業科技智慧財產與品種流入大陸，影響農業長遠發展，農委會已將大部分國內具技術優勢或生產量多之農產品，如種畜、種苗、水產苗等，公告為「在大陸地區從事投資或技術合作農業禁止類之產品項目」，迄今尚有434項農業類產品項目列為「禁止類」；至於其他赴大陸投資可增加產業競爭力之項目或國內已無生產或生產極少之農產品則列為「一般類」項目。

　　除上述負面表列之投資管理檢討機制之外，農委會並採行以下配套措施維護台灣農業優勢，包括：

一、加強建立及維護台灣農業核心競爭力，針對農業品種及科技保護、農產貿易及檢疫各方面規範訂定完整之配套法規措施。
二、持續推動農業研發創新，加強智慧財產權保護。
三、建置農業相關產業及技術人員赴中國大陸之管理模式。

　　農委會說，因應兩岸交流日漸頻繁之趨勢，將配合推動建立兩岸農業經貿諮商，以及進行兩岸農業智慧財產權協商，透過兩岸協商之正式管道，保障台灣農民權益及確保台灣農業競爭優勢。