針對民進黨立院黨團指農村再生條例草案刪除第三章「土地活化專章」，卻將第三章打散在各條文當中的批評，農委會表示，此次立法院臨時會審查的農村再生條例已參採各界意見做了修正，包括爭議性較大的整合型農地整備機制，將在取得共識並立法後才推動；鄉村區擴大規定回歸至區域計畫通盤檢討機制辦理而予以刪除。並配合現行區域計畫非都市土地法令規定，在本條例中以功能性分區(例如休閒農業區)概念，特別訂定農村再生發展區的劃定，並加入舉辦公聽會、聽證會等程序規定，完全符合現行法制規定。

　　農委會表示，農村再生條例係比照現行土地管制方式的休閒農業區模式，以農村再生發展區功能分區(例如體驗區、生產區等)概念，提供農村社區有計畫的管理，目的在規劃與配置公共設施，促進合理之土地利用，而非劃定後全部變更為建築用地，相反地，條文明定應報中央核定後實施，有嚴格把關機制並作計畫管理。

　　農委會說明，有關第三章農村土地活化部分，經以必要性與急迫性原則檢討後，整章刪除，但考量自從民國六○年代完成非都市土地第一次編定作業後，我國農村的土地幾乎沒有更動或檢討過，整個農村的土地管制維持在二、三十年前的模式，所有的土地利用仍然被迫匡在早年的架構下，為打破以往全國各地單一無彈性的管理，導入計畫管理確有必要，可使計畫與管理趨於一致。

　　農委會也指出，農村再生發展區主要在配合社區需要，配置公共設施，農村發展如有涉及在農業用地上設置設施時，仍以農業使用容許使用項目(例如集貨場、曬場等)為基礎，倘屬於高強度使用(如規模甚大，涉及建築，如停車場、涼亭、污水處理設施等)者，須以土地變更使用方式辦理。土地變更使用程序，依區域計畫法相關規定辦理。農村再生發展區管理監督辦法需會同地政與營建主管機關共同訂定，可與土地管理法規接軌，屆時均可依法行政。期望各界回歸理性討論，共同關心農村整體發展。