農委會表示，一般農民灌溉用水井，只抽取深度 30 公尺以內之淺層地下水，彰化及雲林地層下陷主因來自深層 (200 公尺 以下) 地層的壓縮，農民灌溉水井抽水對地層下陷影響輕微，因此將優先限制深水井之抽用。

因應地層下陷之三階段封停水井計畫，不會影響農民權益

　　農委會指出，根據目前擬定的雲彰地區地層下陷具體解決方案暨封停水井計畫，需辦理封停之水井皆屬彰化及雲林兩水利會合法水井，並無處置農民私有灌溉水井之計畫。

　　農委會規劃依地面水源供應無虞、距高鐵遠近及抽水井深等原則，三階段封停彰化、雲林農田水利會水井。第一階段 (100~102 年 ) 封停雲林縣境鄰近高鐵沿線 3 公里寬範圍內現有公有合法水井，該會預定於 101 年底前，補助雲林農田水利會完成安慶圳改善工程做為替代水源。

　　農委會表示，為配合第二、三階段封停水井，該會將規劃設置農塘貯水調節、加強更新改善農田水利渠道設施及推廣旱作節水管路灌溉設施等增供地面水源措施因應，並以地面替代水源完成後才執行水井封停，故不會影響農民灌溉權益。