據報載臺南市數個行政 區早期農地重劃區農水路更新改善預算遭農委會刪減或刪除。農委會表示， 99 年度農委會補助台南市等 7 縣市政府辦理早期農地重劃區農水路更新改善，該項計畫於 99 年 4 月中旬核定，臺南市政府補助款於當年度無法順利執行完畢，造成計畫保留款比例約 25%(3, 500 餘萬元 ) ，嚴重影響計畫執行率。

農委會強調，為有效提升計畫執行率，本 (100) 年度各項農水路計畫均採分梯次研提方式辦理，早期農地重劃區農水路更新改善計畫第 1 梯次先予核定臺南市政府辦理 3 區改善工程，若市府第 1 梯次工程能於 8 月初完成發包作業，並儘速趕工，該會將視實際進度研提第 2 梯次計畫。