絲瓜果實的苦味來源主要為葫蘆素（cucurbitacin），該成分常見於葫蘆科作物，在一般情況下其含量極微，當食用量過高時，可能造成腹瀉問題，惟並無報章說明類似砒霜等傷害人體之毒性。

絲瓜產生苦味的原因，可分為環境因子及遺傳因子兩大類：（1）當絲瓜於栽培期間遭遇逆境（如日照不足、低溫等）、害蟲叮咬、不當施用肥料（如氮肥等）或農藥等問題，將使絲瓜累積微量葫蘆素以提高自身抗性。（2）專門作為砧木使用的絲瓜為稜角絲瓜及圓筒絲瓜之雜交後代，其特性為生育旺盛且抗病性高，惟其果實帶有苦味，無法直接作為栽培品種使用。

目前臺灣的絲瓜栽培農戶，皆具適當的栽培管理能力，因此這種含苦味的絲瓜並不常見。如誤食帶有苦味的絲瓜，請立刻停止食用，以減少腹瀉情形發生。