(一)強化動植物防疫檢疫網

　　持續針對牛海綿狀腦病(俗稱狂牛病)、狂犬病、高病原性家禽流行性感冒、牛瘟、地中海果實蠅、蘋果蠹蛾、黃金線蟲等進行監測，結果顯示我國仍為該等高風險疫病蟲害之非疫國。配合「無障礙通關」政策，推展動植物檢疫「便捷貿e網」正式上線，建立本會與海關電腦單證比對及訊息通關跨機關合作機制，經統計，94年輸出入動植物及其產品總申報數共294,503批數，業者網路申報數計140,003批數，網路申報佔總申報數之比例為47.5％。另於94年新增配置9組檢疫犬隊於國際重要港站執行偵測工作，總計我國目前已有12組檢疫犬隊在勤，計檢查1萬餘航次，查獲旅客攜帶農畜產品超過20餘公噸。

(二)預防禽流感因應措施

　　為防範及因應家禽流行性感冒疫情，行政院於94年10月21日起成立跨部會禽流感防治聯繫會報，整合本會、衛生署、海巡署等相關部會防疫作為與步調，召開8次會議。此外，隨時注意國外疫情，適時公告禁止疫區禽鳥類及其產品輸入，並於機場、港口嚴格執行檢疫把關工作。同時協調緝私機關加強走私行為之取締。持續針對候鳥、雞、鴨及鵝場進行監測工作，並補助養雞場、養豬場設置防鳥圍網設施，降低野鳥傳入病原風險。同時，儲備緊急防疫用疫苗，以備必要時啟動環狀免疫之用，另邀集專家學者成立應用性研究團隊，提供防疫專業技術。

　　另責成各縣市動物防疫機關，針對轄內養禽場加強訪視及輔導落實自衛防疫措施，持續辦理全民防疫教育宣導，並於94年10月假台北縣立新莊體育場辦理「94年度高病原性家禽流行性感冒聯合防疫演習」，以確實發揮聯防體系功能。

(三)落實推動紅火蟻防治措施

　　積極推動紅火蟻防治工作，強化跨部會分工合作機制，94年邀集國家紅火蟻防治中心、相關部會及縣(市)政府，召開11次會議。並購置紅火蟻防治藥劑105公噸，改良完成餌劑動力撒佈車13台，提供地方防治隊施用，有效提升施藥效率。94年於台北縣、桃園縣、嘉義縣完成全面防治總面積為17,600公頃，台北縣及桃園縣經全面防治後紅火蟻密度明顯下降，嘉義縣經評估結果，防治率已達90％，發生範圍均在掌控中。此外，台北市等零星發生之個案，經施藥防治後，目前均已接近撲滅。

(四)賡續推動豬瘟及口蹄疫撲滅工作

　　辦理「口蹄疫疫苗費用補助計畫」，每劑疫苗補助農民5元，以減輕養畜戶負擔，進而提高養畜戶預防注射意願及注射率，94年各縣市口蹄疫疫苗共施打1千9百16萬劑，注射率達9成以上。我國現為「使用疫苗之口蹄疫非疫國」，刻進行停止施打疫苗之風險評估及規劃分區停止疫苗之可行性；95年將於澎湖地區進行「小區域停止施打口蹄疫疫苗試驗」，採階段式漸進停打口蹄疫疫苗，其執行成果將做為台灣地區停打疫苗措施之參考。另督導各縣市動物防疫機關，加強輔導畜牧場29,501場次，以落實預防注射、清洗消毒等自衛防疫措施。持續推動口蹄疫疫苗購買證明票措施，並於肉品市場查核，94年計查核7,816次，如違返規定，且於7日內仍未補送免疫證明書者，則由縣市動物防疫機關開單告發。