對於受災的農漁民，本會立即採取從寬、從速、從簡的救災復建措施；對於死廢畜禽魚及漂流木，均在第一時間內，立刻進行處理。

清運死廢畜禽魚與消毒環境

　　本會防檢局於災後協助死廢畜禽之清運銷燬及畜禽場清理消毒事宜，在受災較嚴重之五縣市共協助畜禽受災戶1,434戶完成清運及消毒，總計清運家畜156,227頭及家禽7,176,121隻，同時由本會漁業署協助屏東縣清運斃死魚1,515公噸。另提供消毒劑予受災戶自行加強後續消毒，並不定期訪視受災畜牧場，以防範疫病發生。

辦理現金救助

　　積極協調相關機關迅速勘災，於確認災情24小時內公告救助地區，並以從寬、從速、從簡原則，全力動員救助農業災損，救助金申撥案隨到隨審，逕撥鄉鎮公所公庫，轉撥入農漁民帳戶，計已發放救助款新臺幣53.04億元、20.2萬農漁戶。

訂定產業輔導專案措施

　　為協助莫拉克風災受災農漁民儘速復耕復建，針對因為土地權屬或產業登記等問題不具備「農業天然災害救助辦法」規定現金救助資格，但其土地使用符合相關法令者，訂定「產業輔導專案措施」，提供專案復耕復養協助。

提供農業金融優惠措施

• 為減輕受災戶之債務負擔，協助農漁民安定生計，本會於9月12日發布「金融機構承受災區放款擔保品全部毀損或滅失補助辦法」。此外，部分農漁會信用部在此次風災中受損嚴重，特別編列預算補助信用部硬體設備損失，以協助受災農漁會信用部儘速重建。另為使農漁民及金融機構更瞭解農業金融協助措施，除於9月召開11場「莫拉克風災之農業金融協助措施分區座談會」，並彙編「莫拉克風災農業金融協助措施手冊」，希與受災農漁民攜手重建，渡過艱困時期。

• 為協助受災農漁民復建復耕，提供農業天然災害低利貸款，計2,439戶農漁民取得融資約新臺幣29億元;另為紓解其財務負擔，舊政策性農業專案貸款本金得展延2年、展延期間利息免收，核准5,084件約新臺幣59億元。

推動農漁畜產品調節因應措施

• 在莫拉克颱風期間，共釋出公糧11批次、計24,148公噸，並對稻米出口作總量管制、出口價格限制及出口稻米品質限制。輔導10個農民團體於6月至10月期間，辦理蔬菜滾動倉貯甘藍菜1,100公噸及結球白菜100公噸，合計1,200公噸。於8月莫拉克颱風後，視市況逐日釋出供應臺北果菜市場，自8月8日至9月3日，累計釋出1,154公噸。臺北果菜市場蔬菜價格於8月18日達最高，平均每公斤交易價格新臺幣38.2元，其後即呈回穩，較2008年及2007年蔬菜價格最高達新臺幣47.4元及新臺幣55.5元，顯見相對穩定。

• 為穩定市場魚貨供需，進行交易價之查報與分析，於盛產期間輔導漁業（民）團體辦理促銷、凍儲或加工等調節措施，以減少市場流通量；遇價格異常高漲，即協調魚市場及產業團體調配庫存或替代魚貨供應。

• 於災後三個月內，密切注意肉豬市場供需動態，豬價雖有短期上揚情事，惟總體平均豬價尚維持在每公斤新臺幣63至70元之間，豬源調控平穩。家禽產品部分，採取多項調節措施，包括協調土雞業者增加雞隻供應並釋出庫存，供應量達每週230萬隻、產地價格維持在每公斤新臺幣65元左右；雞蛋則每日維持8萬箱以上之供應數量、產地價格維持在每公斤新臺幣52.5元，足敷市場所需。至於其他產品如白肉雞、土番鴨及生乳等，維持風災前之供應量，價格與災前並無明顯差異。

組織「災後復建技術服務團」下鄉服務

　　莫拉克颱風災後，立即成立15個技術服務團投入農林漁牧災後復建，共出團2,215次及服務2,827個點，反應農民意見303件。農業服務企業及農會527家次，產銷班1,057班次，農民26,503人次，服務面積約26,747公頃；漁業服務29家產銷班及453戶養殖戶，復養面積約750公頃；牧業服務619家畜禽場。

清理漂流木

　　對於漂流木的清理，採「中央與地方協同分工，同時併進，部會間緊密協調，適時解決問題」之原則，優先清理漁港、農田漂流木，於8月18日前恢復漁港航道，9月底前，展開農田復耕，12月底前，除旗山鎮之農田，鹽埔鄉河川，高屏溪高灘地4個鄉鎮外，均已清理完成，並同時進行漂流木多元利用計畫，設置紀念公園，充分利用漂流木資源。

處置堰塞湖

　　莫拉克颱風帶來極端降雨（暴雨）誘發山崩、地滑或土石流堵塞河谷或河川形成16處堰塞湖。本會林務局自8月14日起，整理現況彙報處理訊息，並對權管國有林地內之堰塞湖運用各種方法監測處理。另邀集有關機關及專家學者研訂「堰塞湖警戒、監測及撤離與演練方案」報奉行政院於9月7日核定及10月26日修正備查，俾據以執行。

土石流預警

　　修訂及檢討土石流警戒基準值，由七級距（250～550mm）增為八級距（250～600mm），計有62鄉（鎮市區）調整；莫拉克風災後，為因應後續防汛期間緊急應變需求，於8月24日調降部分地區土石流警戒基準值（計6縣25鄉，例如高雄縣甲仙鄉由450mm調降為250mm）；2009年間計開設颱風豪雨土石流災害緊急應變小組，投入6,009人次，通知緊急聯絡人146,336人次，紅色警戒發布659條次，黃色警戒發布653條次；莫拉克颱風適時發布警戒，重機械支援調度1,420台次，協助地方政府疏散避難及應變計9,100人，減少可能死傷人數約1,046人。