莫拉克颱風災害發生，從初期協助緊急防疫處置，從寬、從速、從簡的救助，賡續提供技術諮詢服務與農業金融紓困，以及後續推動農漁畜產業輔導與重建等措施；期能儘速恢復產銷機能，穩定供需及安定農漁民生活，並藉重建契機強化產業體質與競爭力，迄2009年底，農業天然災害現金救助已近完成，進度達99.99％；另成15個技術服務團，投入農林漁牧災後復建之技術服務，共出團2,215次及服務超過2,827個點，協助處理農民對於災後救助、復耕（養）及補助等問題；精緻農業之重點產業蘭花、石斑魚在此次風災受損嚴重，也分別恢復了近9成與6成；在金融協助方面，專案農貸展延核准案件約5,000件計新臺幣59億元，災害低利貸款近2,500件計新臺幣29億元，減輕農漁民還款壓力，藉低利貸款度過難關。

災區資源環境重建

• 為加速重建受莫拉克颱風基礎設施損毀區域，本會推動農田水利設施及農地重劃區農水路復建計畫，2009年投注新臺幣4.81億元辦理291件相關工程；完成後可恢復農路行車安全及水路暢通，加速農民復耕。

• 在災區山坡地範圍，辦理水土保持復建、農路復建、野溪清疏、土石流防災及監測等，2009年編列新臺幣8.47億元，辦理325件工程及相關工作，完成後可有效控制有害土砂351萬立方公尺，減少災害發生及減輕影響範圍3.88萬公頃；另林班地內，2009年核定103件含處理淤積土石之治理工程，就地處理或利用土石量約87萬立方公尺；辦理土石外運約17萬立方公尺。

• 依行政院核定之「加強河川野溪及水庫疏濬方案」積極辦理野溪清疏，預定於2010年防汛期前完成1,000萬立方公尺清疏量。

災區農村社區復建

　　以中南部及臺東縣主要受災之農村聚落為核心，結合農村再生政策理念與目標，協助居民勾勒社區重建願景，並依社區需求之輕重緩急，積極實施社區整體環境復健及公共設施建設，計辦理農村社區災後復健80處、農村社區復健規劃4區。

農業推廣設施重建

　　莫拉克颱風造成中、南、東部地區約99家農（漁）會相關辦公廳舍暨相關推廣、供銷、信用設備(施)毀損嚴重，估計損失達新臺幣2億5千餘萬元。為協助受災農（漁）會重建，本會除移緩濟急挹注經費，並編列特別預算，補助農（漁）會重建經費近新臺幣2億元，預計於2010年12月31日完成重建工作，以提供在地農（漁）民各項完整服務。