進行兩岸農業交流

• 辦理505團 （ 6,484人 ） 大陸地區人民受邀來臺從事農業專業交流審查；執行「中國大陸農業資訊蒐集與分析」、「兩岸農業合作試驗區之發展現況及對我國農業影響之研究」、「中國大陸海洋漁業及養殖漁業資訊交流」等11項兩岸農業交流計畫；適時調整赴中國大陸進行農業投資項目之管理，並強化國內農業品種與敏感性農業科技之管理；繼續管制830項農產品自中國大陸進口。
• 推動兩岸農業經貿諮商，落實執行「海峽兩岸漁船船員勞務合作協議」及「海峽兩岸農產品檢疫檢驗合作協議」，於6月簽署「海峽兩岸智慧財產權保護合作協議」及「兩岸經濟合作架構協議 （ ECFA ） 」，以保護我國農業智慧財產權 ， 並在ECFA早收清單中爭取到18個稅項農漁產品免稅優惠項目。

健全農業智慧財產權保護機制

• 受理植物品種權申請案145件，審查通過並核發植物品種權證書100件，新增公告捧心蘭等9種植物品種試驗檢定方法。
• 簽署「兩岸智慧財產權保護合作協議」，並於9月12日生效，11月22日兩岸同步受理植物品種權優先權主張，有助我國新品種新研發成果在中國大陸之保障。 
• 在WTO / TRIPS架構下與歐盟 （ 27國 ） 、美國、日本、澳洲等國家諮商協議並同意相互受理對方國民及法人之植物品種權申請 ， 讓國人育種成果在海外受到保護 ； 臺歐盟雙方同意相互採認蝴蝶蘭品種性狀檢定報告書，簡化申請程序，歐盟並同意我申請經費每件減少450歐元。

開拓農漁產品大陸市場

• 兩岸完成簽署經濟架構協議後，中國大陸在已對我開放進口之22項水果中，將香蕉、柳橙、檸檬、紅龍果、哈蜜瓜等5項產品列入早收清單，自2011年起分2至3年降至零關稅，再加上兩岸直航有效縮短運輸時間，中國大陸已逐漸成為臺灣水果之重要外銷市場。
• 持續加強推動農漁產品外銷中國大陸，輔導農漁團體參加展覽18場次，並輔導13家外銷業者與大陸連鎖超市合作辦理「臺灣蔬果節」宣傳促銷活動。積極向中國大陸申請「吉園圃臺灣安全蔬果」及「CAS臺灣優良農產品」等標章註冊 ， 並建立執法協處機制 ， 其中CAS臺灣優良農產品標章業於11月註冊成功。
• 輔導設置文心蘭生產專區，共同外銷對岸，並參加大陸一級城市花卉展活動。致力排除輸出植物檢疫障礙，爭取植物品種權保護及海運貯運，有效降低運銷成本及提高出口值。舉辦「第一屆海峽兩岸臺灣優良農產品洽商大會」，邀請大陸人士等來臺觀展及進行貿易洽談；另規劃於上海設立長期性展售宣傳據點，以建構穩定之行銷通路。
• 臺灣農產品外銷中國大陸之出口量、值為26.2萬公噸、5.21億美元，較2009年分別成長26.5 ％ 及43.1 ％； 33項國產主力農產品之出口量、值為1.13萬公噸、4,753萬美元，較2009年大幅成長165 ％ 及462 ％，其中石斑魚因開放活魚運搬船直航大陸11個港口，出口值由2009年之0.03萬美元增加為2010年3,244萬美元；生鮮冷藏水果則受惠於兩岸直航，出口值由2009年508萬美元增加為2010年1,037萬美元。

推動「海峽兩岸農產品檢疫檢驗合作協議」

• 自2009年12月22日簽署「海峽兩岸農產品檢疫檢驗合作協議」後，海峽兩岸已建立業務主管部門聯繫機制；雙方相互查詢、通報及聯繫案件計188件，適時解決業者貨物通關問題。雙方另於2010年4月及9月舉行簽署後之工作會商，達成多項具體共識，刻由雙方落實推動中。
• 藉由「海峽兩岸農產品檢疫檢驗合作協議」之協商機制，陸方已同意我方5家業者之調製豬肉、禽肉及蛋類之檢疫准入申請，以及鮮梨之檢疫准入初步評估；針對輸銷大陸22項水果，亦已請其增訂殘留農藥標準，在未完成制定標準前，暫採國際食品法典委員會或我方標準。至於我方為爭取更便捷檢疫檢驗通關優惠，陸方將派員來臺實地考察鳳梨作為示範作物。

簽訂兩岸漁船船員勞務合作協議

　　為讓大陸漁工聘僱及管理制度法制化並保障雙方權益，兩岸於2009年12月簽訂漁船船員勞務合作協議，明定我漁船主僱用大陸船員應委託我方仲介機構及陸方經營公司，以引進及外派船員。本會已核准19家仲介機構，另公告大陸方面指定11家經營公司，至12月，漁船主已委託仲介機構引進2,963名大陸船員協助境外作業。