2011年辦理58處漁港基本設施及公共設施改善、7處漁港碼頭鋪面整建、3處漁港遊艇碼頭設施建設，以及31港次疏浚等工作，以改造傳統漁港為兼具漁業及休閒觀光之功能。

推動責任漁業

• 持續辦理沿近海漁業之捕撈管理及調查（MCS），2011年查報清點飛魚卵、魩鱙、珊瑚及燈火等特定漁業漁船漁獲約7萬筆；海上登臨檢查漁船計231艘次；完成16萬立方公尺人工魚礁投放與魚苗放流約720萬尾；辦理97艘漁船（筏）收購及9,676艘漁船（筏）休漁。
• 分別執行太平洋及大西洋公海巡護3航次及1航次，登檢漁船 59 艘及32艘；派遣54名觀察員進行海上觀測，三大洋觀察員涵蓋率平均為6.8%，已達各國際漁業組織涵蓋率5%之要求；輔導中小型延繩釣漁船安裝漁船監控系統，安裝率達97％。另依據「投資經營非我國籍漁船許可辦法」及「投資經營非我國籍漁船作業資料申報辦法」，將國人投資、經營非我國籍漁船從事漁業納入管理，以維護國際漁業秩序。

推動生態環境永續發展

推動綠色造林

　　為提升環境品質，營造生態環境完整性，增加民眾戶外休閒空間及產業，同時達成國土保安、涵養水源及減輕天然災害等目的，以「營造安全、生態及優質家園」為計畫願景。2011年綠色造林執行面積：平地造林綠美化新植4,643公頃，山坡地造林2,448公頃，合計7,091公頃。

加強森林永續經營

• 為掌握全國森林資源狀況，2008年起推動第4次全國森林資源調查，建立生態系長期監測系統，至2011年止，已完成臺灣西部地區公私有林調查及國有林事業區森林資源調查177萬公頃，另完成2,319個永久樣區複查及航遙測圖資供應平臺第3期後端倉儲整合建置計畫。
• 防範森林火災及竊取森林主副產物、濫墾等林政案件發生，計搶救森林火災12次，面積2.5公頃；取締竊取森林主副產物353件，破獲率達79.32%；取締濫墾20件，面積16.763公頃。森林警察執行森林保護勤務，計執行違反「森林法」、「野生動物保育法」、「水土保持法」及其他案件共510件、移送人犯966人。 
• 為加強海岸生態復育，減緩飛砂、季節風、鹽霧及潮浪危害，完成海岸及離島造林107公頃，為加強山林復育，完成劣化地復育1,644公頃。

維護生物多樣性

• 協調相關部會執行行政院國家永續發展委員會生物多樣性組行動計畫32項具體工作，辦理「未來十年生物多樣性展望國際趨勢論壇」，並依據愛知目標修正行動計畫。
• 執行「外來入侵種管理行動計畫」，以避免外來種入侵影響生態。 
• 依據與挪威斯瓦爾巴全球種子庫之協定將3,225份臺灣13種種原送達挪威備份保存。 
• 於10月簽署「地景保育臺北宣言」，以推展臺灣的地景保育與永續利用。 
• 12月公告「桃園高榮野生動物重要棲息環境」，面積1.11公頃，為桃園眾多埤塘第1個依據野生動物保育法劃設保護之區域。 
• 加強民眾對生物多樣性的關注，林務局辦理「2011國家生態電影節有影秀臺灣」及「2011臺灣野望國際自然影展」、林試所辦理「生態研究資料倉儲教學研習會」、特生中心辦理「2011生物多樣性研討會」等保育宣導與研討會活動達1,400餘場次，參與人員33萬餘人次。

加強國土保育復育

治理易淹水地區水患

• 辦理上游坡地水土保持及治山防洪等2項子計畫，目前已完成第1階段（2006~2007年）治理工程1,245件及第2階段（2008~2010年）治理工程1,729件，共保護山坡地面積89.2萬公頃，保護山坡地易致災區域人口194.6萬人，同時控制土砂生產量2,308.6萬立方公尺、避免下游地區因河道淤積造成淹水情事。 
• 辦理易淹水地區待改善之農田排水設施工程共38件，完成21公里排水路及50件構造物，改善3,800公頃農田易淹水潛勢地區水患問題。

推動國土復育

• 以集水區土砂平衡為方向，進行整體調查規劃；針對災害致災原因、影響範圍進行評估，強化集水區土砂災害處理，並以軟體防災結合硬體減災，研訂治理策略。
• 執行現有濫墾、濫建限期廢耕拆除及違法濫墾濫建地區鼓勵人民配合返還林地救助工作，收回非法占用林地618公頃。加速國有林租地造林地補償收回租地1,027公頃。對濫墾及租地補償收回地、火災跡地及崩塌地等加強復育，完成劣化地復育1,644公頃。 
• 辦理「建立地層下陷區濕地生態園區經營管理示範」計畫，持續租用雲林縣口湖鄉及臺南市學甲區共約60公頃長期浸於鹽水之農地，營造濕地生態園區，並辦理好美寮之濕地資源調查，期有效保護生物多樣性，減緩地層下陷趨勢，並作為生態旅遊等相關綠色產業的發展基礎。

推動集水區治理及治山防災

• 集水區為治理單元，依國有林崩塌地調查及集水區危險度調查評估結果，同時因應颱風災害所需，編列25.24億元辦理上游國有林地崩塌地處理、防砂工程及維護與緊急處理等治理工程計303件，處理崩塌地面積約398公頃，及抑制土砂下移量約1,149萬立方公尺，俾能儘速復育林地，達到森林國土保安之功能。
• 辦理石門水庫及其集水區整治計畫，第2階段（2009- 2011年）共編列19.797億元，有效控制土砂量828萬立方，集水區整治率提升至62％。 
• 推動治山防災工作，針對臺灣地區之重要水庫，辦理水庫集水區土砂防治及保育治理與加速完成重大土石災害集水區治理， 2011年度投資經費3.977億元，辦理相關水土保持工程126處。

健全土石流防災體系

• 落實土石流防災整備
  　　公開1,578條土石流潛勢溪流，分布於17直轄市及縣（市）、159鄉（鎮、市、區）、662村里，檢討更新571村里「土石流防災疏散避難計畫」，保全對象計41,700人；辦理土石流防災疏散避難演練48場及宣導280場，培訓土石流防災專員1,336人；推動207個自主防災社區。 
• 強化土石流防災應變機制
  　　調整加入3小時累積降雨因子，動態調降警戒基準值，並在檢討後維持九級距警戒基準值（200～600mm）；開設颱風豪雨土石流災害緊急應變小組共8次21日，投入1,950人次，通知緊急聯絡人101,122人次，發布紅色警戒124條，黃色警戒890條。
• 精進土石流監測
  　　完成觀測站建置計43站（固定式26站，行動式3站及簡易式14站）；提供GIS圖資查詢及套疊等服務計82,625人次；推動防災國際交流計16場。

辦理山坡地監測與管理

• 藉由山坡地土地可利用限度分類查定工作，規範山坡地農業使用行為，完成查定2,250公頃。對於極需加強實施水土保持處理與維護之地區，劃定為特定水土保持區，擬定長期水土保持計畫，已完成特定水土保持區保育治理工程6件，督導及協助長期水土保持計畫（通盤檢討）9區及特定水土保持區劃定規劃2件。
• 核准山坡地開發利用水土保持計畫（含簡易水土保持申報書）1,666件，施工中檢查2,544次；2011 年度衛星變異點案件為3,944件，執行山坡地違規使用查報取締1,250件，罰鍰金額新臺幣7,637萬元，移送法辦81件，輔導各地方政府成立水土保持服務團，服務民眾2,259件，強化民眾知法守法觀念，維護山坡地開發利用安全。

辦理地層下陷區養殖環境改善

　　本會漁業署辦理「加速辦理地層下陷區排水環境改善示範計畫」，於雲林縣椬梧示範區及嘉義縣新塭示範區進行海水養殖相關公共設施整建工程，以改善地層下陷區排水環境，累計完成養殖生產區進排水路整建27,331公尺、道路改善23,923公尺。另於「促進養殖漁業與環境和諧」計畫項下補助彰化縣、雲林縣、嘉義縣、屏東縣等主要養殖縣市政府共約2億元，辦理轄內養殖漁業生產區進排水路及產業道路等34件公共設施整建及改善工程，目前部分工程已竣工，可有效減低汛期及颱風時挾帶豪雨所造成之漁民財產損失。

維護優良農地

• 本會於2011年1月召開全國農業與農地研討會及5月召開全國糧食安全會議，獲致優良農地應實施較高強度管制且農業資源優先投入之共識。復依據會議決議，於同年2月展開全國農地資源調查作業，已完成農地資源初步盤點。另為因應國土利用採行功能分區之管理方向，迄2011年底已協助宜蘭縣等15個主要農業縣政府及全國77個農業鄉鎮，完成農地資源空間規劃作業，提供農地分級管理之參據。
• 為確保優良農地，已配合內政部完成「土地徵收條例」修正公布，並積極研修「農業主管機關同意農業用地變更使用審查作業要點」等法令，從嚴審認農地變更使用之必要性、合理性及無可替代性。 
• 推動農地整合加值示範計畫，結合農業經營專區、小地主大佃農、農業中衛體系及農村再生計畫，將施政資源整合運用於優質農業生產區，發揮活化農地利用、引進青年農民、發展優勢產業及營造優質農村之加值效益。

強化農田水利建設

　　辦理農田水利渠道更新改善340公里及相關構造物改善829座、農地重劃3區258公頃，以減少輸水損失及提高用水效率，並改善工程品質及結構強度；另補助旱作灌溉設施推廣2,039公頃、完成設置水文自動測報系統65處，並辦理休耕水田蓄水推廣202公頃及輔導設置2,611處監視點，總計辦理灌溉水質檢驗4萬3,700點次，有效掌握灌溉水質改善狀況；配合政府振興經濟新方案，辦理農地重劃區急要農水路改善227公里、早期農地重劃區農水路更新改善1,599公頃及灌溉排水路維護3,856公里，以改善農場經營及農村生活環境，提供就業機會，並達成擴大公共建設及振興經濟之目標。