加強農漁畜產品產銷安全管理

• 辦理田間集貨場農產品農藥殘留檢驗，共抽驗蔬果10,303件、茶葉3,000 件、稻米726件，另以生化法檢測391,116件。上市前畜禽產品動物用藥品質監測37,064件、養殖水產品藥物殘留及重金屬監測1,387件及魚市場水產品藥物殘留快速篩檢2,065件。
• 辦理每月肉品市場交易價格前10名養豬場之豬隻毛髮檢測，抽驗不符規定之豬源拒絕其交易。另輔導白肉雞、土雞及肉鴨等養禽場及屠宰場，於屠宰前3天辦理自主藥物殘留檢測；抽驗飼料廠及自製自用飼料戶飼料中抗生素等藥物1,637件次，陽性率1.7％。

強化動植物防疫檢疫

• 強化動植物疫情監測通報及預警，持續推動豬瘟、口蹄疫防疫措施、羊痘疫苗免疫計畫及高病原性家禽流行性感冒防範措施；辦理入侵紅火蟻、作物整合性防治及主要病蟲害共同防治，維持我國為牛海綿狀腦病、地中海果實蠅等重大疫病害蟲之非疫國。
• 辦理農藥延伸使用1,592項及擴大水產動物用藥使用對象為10個分類目（已涵蓋大部分水產動物），加強非法農藥及動物用藥品查緝。推動水產動物疫苗研發與登記上市，產出我國第一個魚用疫苗「石斑魚虹彩病毒不活化疫苗」。派駐40組檢疫犬組於各國際港埠執行偵測，截獲檢疫物5.4萬件、58.5公噸。
• 2011年經檢疫殺蟲處理後輸往美、日、韓等6國之鮮果實共計3,031公噸；附帶栽培介質之蝴蝶蘭苗輸出美國、韓國、加拿大及澳大利亞共計1,970萬株。

推動屠宰衛生檢查

　　分派502位經訓練合格之屠宰衛生檢查人員於全國各合法畜禽屠宰場，並在本會防檢局各分局公務獸醫不定期監督機制下執行檢查。2011年共計檢查830萬餘頭家畜，其中經判定部分或全部廢棄的家畜高達164萬餘頭，其中整頭廢棄者828頭，部分廢棄者164 萬7千餘頭；另檢查超過2.7億餘隻家禽，其中經判定部分或整隻廢棄的家禽高達850萬餘隻，有效防止不適合食用屠體流入市面，為消費大眾之食肉安全嚴格把關。