農糧產業重建

• 果樹：完成果樹（木瓜）設施重建197公頃。
• 花卉：辦理花卉生產設施重建8.23公頃及蘭花生產設施修繕重建7.86公頃，總計完成16.09公頃。另補助蘭花種苗復育32,982坪。 
• 蔬菜：完成蔬菜生產設施重建159.18公頃。 
• 特用作物：輔導農民團體對受損茶園及茶廠辦理生產設施（備）及製茶機具（設備）復建購置，計補助茶園重建51.3公頃，茶廠重建19 家，蓄水池66座，抽水機136台，製茶機具35 台；愛玉子產業重建 1 處。 
• 水稻：協助臺南市及屏東縣共10家水稻育苗中心汰換因淹水、埋沒而損壞之育苗設備，包括播種機、全自動排箱機、自動積箱機及碎土機等共15台。 
• 運銷機能恢復：補助重（復）建或更新修繕集貨場1萬1,300坪，冷藏庫設備2,050坪，分級包裝與加工設備520台、運輸卡車70輛及34處生鮮超市內部營運設施。 
• 農會肥料倉庫重建與修繕：完成32棟肥料倉庫修繕。

林業重建

推動阿里山國家森林遊樂區整體改善

　　持續辦理加油站遷建、入口轉運站新建、簡易市場、祝山觀日區攤販、旅客服務中心及香林服務區改善與沼平車站興建等工程；園區遊園車於8月委由民間租賃公司營運。

辦理阿里山森林鐵路復建

　　阿里山森林鐵路於6月完成嘉義至奮起湖段復建工程；另奮起湖至阿里山段將以隧道方式進行復建，預定於2013年完成復建。

堰塞湖後續處理

　　持續進行士文及旗山溪等2處堰塞湖挖降工程，經挖降後已成自然水道，並加強監視應變及辦理疏散避難演練，分別於7月及10月依程序解除列管。另舉辦森林護管人員及土石流防災專員訓練，強化其專業知能。

推動漂流木多元利用

• 7月舉辦「迴藝森林－建國百年國際木雕藝術活動」，計有9國50位藝術家參與創作，吸引34,954人次參觀。
• 成立「向陽薪傳」木工坊，培訓臺東地區原住民41人次，輔導學員自行成立4處工作室，工坊協助銷售，建立產銷合作機制，發展木藝文創產業。

漁業重建

　　持續辦理災區養殖工程建設，計完成進排水路清淤30公里、進排水路整建16,752公尺、養殖漁業生產區道路整建8,450公尺、供水管線12,295公尺，俾利當地漁民儘速投入復養，目前已完成階段性重建業務。未來重建工作規劃以重塑災區養殖環境為主，於屏東、高雄等災區興設海水供水設施、增加海水供水管線範圍並逐步整建養殖漁業生產區內進排水路，輔導區內漁民轉養高單價之海水魚，以減少對地下水依賴，避免因地層下陷致暴雨或汛期時造成淹水情形。

畜牧產業重建

• 辦理天然災害現金救助發放畜牧受災戶961戶，救助款約2.2億元及產業輔導專案措施545戶，相關款項近5千萬元。協助畜禽農民災後復建，迅速恢復種畜禽生產。調節畜禽產品供應，恢復產銷秩序，維持價格穩定。
• 組成「莫拉克颱風災後畜牧產業重建技術服務團」，總共出團182團次、服務459場次，及辦理畜牧產業重建計畫，推動高效健康新式生產體系，提升經營效率，加速產業升級。

災區資源環境重建

水土保持防災與復建

　　依據水土保持防災與復建計畫，辦理水土保持復建、農路復建、野溪清疏、土石流防災及監測等工作。2009年至2011年底，共計辦理1,734件工程，可有效控制土砂生產2,923萬立方公尺，減少災害發生及減輕影響範圍31.6萬公頃。

農村社區規劃與重建

　　配合災區農村社區特性，規劃105處農村社區重建，完成路面改善、排水改善及緩衝綠帶等農村社區設施。僱用災區民眾參與重建274人，辦理農村社區重建相關工作，除協助災區居民於經濟面上獲得改善，並能迅速協助社區環境清潔及美化，改善社區生產與居住環境，凝聚社區意識，加速恢復受災農村社區生活機能與活力。

農田水利設施及農地重劃區農水路重建

　　持續推動農田水利設施及農地重劃區農水路復建計畫，運用發包剩餘款66,826千元增辦屏東農田水利會事業區域內6件高樹鄉農田水利設施復建工程，並核定第二梯次臺東縣嘉蘭、太麻里農地重劃區農水路復建工程2件100,760千元，恢復受災地區農路行車安全與農田水利暢通及農業生產機能，加速農民復耕。