近年來由於氣候異常，造成國際糧食供應不穩，反觀國內現有期作面積約20萬公頃農地休耕，其中近10萬公頃（土地面積近5萬公頃）係兩期連續休耕，政府每年動支上百億元輔導費用，沒有創造產值及就業機會，應設法改善。為維護國家糧食安全，本會規劃推動「調整耕作制度活化農地計畫」。自2013年起，針對連續休耕農地5萬公頃，請地主自行復耕一個期作或出租給有耕作意願與能力者種植轉（契）作作物，將原休耕給付經費轉為轉（契）作作物補貼活化農地，開創臺灣農業發展之新方向。

　　本計畫之推動，預計可提高糧食自給率1.4％，至2016年時可達34.9％。具體措施如下：

調整農田輔導耕作給付方式

• 農田每年可休耕一期，另一期作種植轉（契）作作物給予補貼，鼓勵連休地地主自行復耕一期作，或租給他人耕作。 
• 2013年及2014年兩年為緩衝期，連休農地申辦出租尚未租出者，應復耕期作可辦理農田翻耕，每公頃給付2萬元。 
• 特定作為生態維護田區（如水梯田）或特殊耕作困難地區，每年得給付兩個期作，每期作每公頃3.4萬元。 
• 種植綠肥4.5萬元/公頃，翻耕3.4萬元／公頃。

推廣種植轉（契）作作物

• 轉（契）作作物項目及補貼標準

單位：萬元／公頃／期作

註：
有機作物以符合轉型期條件之申請日起3年內為限，需按有機驗證期程申請驗證、取得有機轉型期驗證、有機驗證等，憑證申請補貼，以促進有機農業發展。

• 地區特產：
  1. 由地方政府選定推廣作物，中央補貼2萬元，餘由地方配合；發生產銷失衡時，地方負擔30％產銷處理費用，自2014年起按規定實施。
  2. 緩衝措施：2013年每公頃2.4萬元由中央補貼；惟所選定地區特產發生產銷失衡，地方政府應負擔30％產銷調節經費。 
• 每一田區每年申請稻榖保價收購、轉（契）作、休耕（限一次）補貼等措施，以兩次為限。

大佃農輔導措施

• 放寬租賃範圍：原設定2006年或2007年連續休耕農地，放寬至1994年至2003年基期年有案者。 
• 種植轉（契）作作物者比照前列標準給予補貼，另給予租賃獎勵每公頃1萬元。 
• 承租2011年連續休耕地給予農地改善補貼每公頃1萬元，僅補貼1次。 
• 設備補助、租金無息及經營資金低利貸款（1％）及天然災害專案救助等，持續辦理。 
• 調整種水稻輔導方式：
  1. 2012年7月4日以前已簽約之大佃農，合約期間補貼每公頃4萬元並可繳交公糧。
  2. 續約輔導措施：舊約及續約合計6年期間，得維持原經營規模，由大佃農就下列擇一辦理： 
     (a) 補貼每公頃4萬元，大佃農不得繳交公糧。
     (b) 補貼每公頃2萬元，大佃農仍得繳交公糧。
  3. 2012年7月5日以後簽訂新約種植水稻者，每期作每公頃補貼大佃農2萬元，且不得繳交公糧。

地主輔導措施

　　租金由租賃雙方議定；符合農保年資滿 5 年且年滿 65 歲之農民，將農地出租給大佃農者，每個月每公頃可領取離農獎勵 2,000 元，最高上限 3 公頃，即每年 7.2 萬元。