面對經貿高度自由化及氣候極端化的現象，經濟發展與糧食安全的戰略平衡，成為施政必須面對的課題。為突破未來的挑戰，本會將以優質人力與技術進行跨域整合，創新產業價值鏈，進行異業合作，形塑臺灣農業科技產業成為臺灣創新產業，帶動農企業與農民合作開創全民農業。

　　依據 2010 年 12 月 6 日至 8 日「行政院 2010 前瞻農業產業科技策略會議」結論與建議「成立農業科技研究院，成為農業科技產業化及新創事業發展之平台。」；另 2012 年 6 月 7 日行政院院會通過「黃金十年國家願景」計畫，施政主軸之「樂活農業」，策略之一係為「設置農業科技研究院，推動農業科技創新研發與產業化發展；結合綠能，發展高效、節能之創新農產業」，故本會規劃籌設財團法人農業科技研究院（以下稱農科院），以積極推動農業科技創新研發與產業化發展。

　　農科院設立之宗旨係為農企業、農民團體及農民提供農業技術、商品化及產業化服務，加速發展農業新創事業及推動國際化；設立之任務則為承接試驗研究機關（構）之研發成果，或與該等機關（構）合作將研發成果進一步加值運用，包括量產技術開發應用、標準規格訂定、實用性評估分析、智財保護與布局、品牌設計及市場行銷等，並輔導業者承接，進而商品化、事業化，期以達成「打造農業科技產業成為臺灣創新產業，帶動農企業與農民合作開創全民農業」之農業科技施政目標。

　　農科院將依民法新設成立，並納入現有組織及專案辦公室擴充能量，包括財團法人臺灣動物科技研究所（以下稱動科所）將解散後併入，另本會技術商品化事業化相關專案辦公室亦併入。農科院院址暫選於動科所現址，未來再予擴充，並整合本會所屬試驗所，共同使用本會所屬試驗研究機關場地。該院將依整體業務發展，設應用研發單位、產業策進單位及總管理處等單位，應用研發單位並包含動物、植物及水產研究所。所需擴充之技術領域或育成團隊，可自本會所屬試驗研究機關借調相關專家共同參與，人力需求並將視未來業務發展情況逐步擴充。