針對高風險、高違規、高關注產品，以及潛勢風險農漁畜產品，滾動式調整查驗品項與頻率如下：

• 2016年辦理生產端農產品農藥殘留檢驗工作，計抽驗1萬4,943件，合格率96.0％。其中蔬果及其他特作類抽驗1萬337件，合格率95.30％，茶葉抽驗2,357件，合格率99％，稻米抽驗2,249件，合格率96.30％。不合格者均請農民不得販售，並函直轄市、縣（市）政府辦理追蹤教育、安全用藥輔導及依法查處。
• 逐年提高高風險魚種檢測比例，計抽驗未上市養殖水產品1,695件，合格率97.90％，批發魚市場養殖水產品抽驗1,200件，合格率98.80％，魚市場添加物自主檢驗5,194件，合格率100％；對於未符合檢驗規定者，皆由直轄市、縣（市）政府依相關規定查處並加強列管，輔導改進。
• 於畜禽產品方面，提高上市前高風險畜禽產品監測頻率，包括有色肉雞（烏骨雞）、豬毛（乙型受體素）、寡產種豬（氯黴素）、雞蛋、鴨蛋等列為加強抽驗產品。針對上市前畜禽產品抽驗，2016年高風險畜禽產品抽驗1萬1,234件，不合格10件，合格率99.68%。
• 加強辦理畜牧場、屠宰場、分切場及販售場所之行政檢查及畜禽產品抽驗藥物殘留監測，2016年辦理行政檢查772件，查有3件產品包裝標示不符相關規定，已移請轄屬地方政府依法裁處；抽驗畜禽產品2,364件，檢測結果9件QR Code雞蛋產品及1件產銷履歷土雞產品不合格，其餘產品藥物殘留檢測結果皆合格，合格率99.60%。